בתפקידו האחרון שימש רותם כקצין החקירות והמודיעין של הארגון. תיקי החקירה במקרים עליהם הצביע כמעשי שחיתות ברשות, נסגרו בסופו של דבר. רותם, שעקב התעקשותו איבד את מקום העבודה ברשות המסים ואת הזכות לפנסיה ממשלתית, הידרדר במהירות והפך לדר רחוב כמעט.
בין לבין הרבה רותם בעימותים עם פקידי רשות המסים ומשרד המשפטים. נרשמו שם מאות שיחות טלפון, מסרונים, פקסים, דואר אלקטרוני ומפגשי פנים אל מול פנים שכללו נאצות וגידופים על מעורבות בשחיתות. לפיכך הוא גם נעצר אינספור פעמים, עד שהפך ליעד מודיעיני של אגף הסיור במשטרת תל אביב. גם שוטרים שנשלחו לעצור אותו נקלעו איתו לעימותים בניידות, בחדרי חקירות ובתאי מעצר.
הוא הואשם בשורת עבירות הטרדה של קציני משטרה, פרקליטים ובכירים ברשות המסים, ביניהם השופט מנחם מזרחי, מי שהיה אז סגן בכיר בפרקליטות מחוז תל אביב. התביעה המשטרתית האשימה את רותם ב-19 אישומים של הטרדה באמצעות מתקן בזק, העלבת עובד ציבור, איומים ועוד. רותם עצמו האשים את גורמים אלו בין היתר בטיוח שחיתויות לכאורה. לבסוף, כאמור הורשע בחלק מהעבירות.
עם זאת, הוא הוכר כחושף שחיתויות על ידי מבקר המדינה והתנועה לאיכות השלטון, שפרסמה הודעת תמיכה ברותם במהלך משפטו: "פרשת רפי רותם היא בין המקרים החריגים והמקוממים ביותר של התנהלות בלתי מאוזנת ובלתי נקייה של מערכת אכיפת החוק", נכתב בהודעה. "רותם, שפעל בכל כוחו, נפשו ומאודו למען ניקיון ותקינות מערכת עתירת כוח, זועק את זעקתו כבר למעלה מעשור, אך לשווא. חשדות חמורים ביותר אינם נחקרים באופן יעיל ואפקטיבי, והמערכת מתעלמת ממחדליה ונאבקת אך ורק בו".
התרעות פיקוד העורף