באוקטובר 2016, מתקיימת ישיבה בפרקליטות בה כבר מסתמן הקשר הנדיב בין אנשי העסקים ארנון מילצ'ן וג'יימס פאקר למשפחת נתניהו אבל הראיות מסתכמות באזור החיוג של חוק המתנות - עבירות עליהן לא עמד לדין עד כה אף איש ציבור. בחדר הדיונים מתלבטים.
מנדלבליט אומר אז למקורביו: "הכי קל היה לי לעצור הכל כבר אז, לסגור את התיק ולא לחפש את האמת. שבועיים היו יורדים עליי ואח"כ עוברים הלאה. במקום זאת, לא ויתרתי ונתתי למשטרה לעבוד". רגע לפני שהחקירה נקלעת למבוי סתום, מני יצחקי מקבל אישור ללכת בעקבות בנו של ראש הממשלה, יאיר נתניהו. ככה הוא מגיע למלון שבו התארח נתניהו על חשבון ג'יימס פאקר, ולמי שביצעה בפועל את התשלום - הדס קליין, העוזרת של מילצ'ן.
בנובמבר 2016 מתרחשת נקודת המפנה. עוזרו של היועמ"ש אומר לו: "תסתכל על השורה התחתונה. 700 אלף שקל על סיגרים, שמפניה ורודה ותכשיטים". מנדלבליט אומר אז לפרקליט המדינה שי ניצן: "ראית את המסמך שהגיע מהמשטרה? אין מנוס מחקירה, הוא לא זהיר. ראש ממשלה צריך להיות זהיר יותר, חבל". ברגע זה נולד תיק 1,000 - הקשר החברי בין מילצ'ן לנתניהו הופך לחשד לעבירה על טוהר המידות וראש הממשלה בדרך לחקירה.
במרץ 2016, חודש בלבד אחרי שהיועץ נכנס ללשכה נוחתת על השולחן שלו קלטת בת 4 שעות של פגישה בין נתניהו ומו"ל ידיעות אחרונות נוני מוזס. בשבוע הראשון של ינואר 2017 החוקרים מתאמים עם ראש הממשלה שני ימי חקירה לאותו שבוע. החקירה הראשונה מתמקדת בתיק 1,000 וביחסים עם מילצ'ן. בין לבין נוני מוזס מוזמן לחקירה בתיק 2,000 מבלי שאף אחד יודע. עכשיו מנדלבליט צריך להחליט האם להביא אותו להארכת מעצר מול המצלמות או לשחרר אותו הביתה למעצר בית ולסמוך עליו שלא יעביר מסרים לרה"מ.
מנדלבליט אמר למקורביו: "אם הייתי רוצה לאותת לרה"מ שיש כאן חקירה נוספת כל מה שהייתי צריך לעשות זה לעצור את נוני והתקשורת הייתה עולה על זה, אבל הסתכנתי והצלחנו להפתיע את נתניהו. הוא חשב שהוא בא להיחקר על תיק 1,000 ופתאום הוא הבין שיש לנו את הקלטת הוא היה בהלם כשהוא שמע אותה והגרסה שסיפק הקשתה עליו".
על יחסיו עם ראש הממשלה על רקע החקירות, אמר למקורביו: "ברור לי שרה"מ רוצה שאבין שהוא ראש ממשלה מצוין ושאי אפשר בלעדיו. בעיקר בענייני ביטחון בקבינט. מבחינתי, זה שקוף וזה לא עובד עליי. זה יהיה אסון קולוסאלי אם אני אתן לזה להשפיע עליי. השיקול היחיד שלי זה אם יש או אין עבירה".
על פי הדיווח, היועץ המשפטי הוסיף: "ידעתי שברגע שהאסימון ייפול ותהיה אפשרות לכתבי אישום, ההתקפות יעברו מהמשטרה והמפכ"ל ישירות אליי ולא יהיה מי שיגן עליי. דף המסרים מגיע ישירות מלמעלה, ראש הממשלה גורר את כל המדינה למטה. זה עצוב וזה יפגע בכולנו".