כמו כן, היתה גם מחלוקת בין הצדדים על עצם העיסוק של מנדלבליט בנושא. תחילה, טען נתניהו, כי היועץ מצוי בניגוד עניינים ואילו בהמשך התנהל שיח בין הצדדים, בניסיון של רה"מ לרכך את ההמלצות.
באוגוסט האחרון השיב היועמ"ש לבקשת נתניהו, וסירב לטענות שהועלו בה.הדחייה הוגשה באמצעות עוזרו הבכיר של מנדלבליט ד"ר גיל לימון, לבא-כוחו של ראש הממשלה עוה"ד יוסי כהן. בתשובתו, דחה היועץ המשפטי לממשלה את הטענות לגבי הסמכות להסדיר את ניגודי העניינים, והזמין את עו"ד כהן לבוא בדברים עם המשנה ליועמ"ש, דינה זילבר, ביחס לטענות שהועלו לגבי טיוטת ההסדר.
התרעות פיקוד העורף