בנוסף, חברת קצא"א הורשעה בשתי עבירות של זיהום מים בנסיבות מחמירות, בשתי עבירות של השלכת פסולת המכילה חומר מסוכן ולכלוך ברשות הרבים ובעבירה אחת של גרימת ריח חזק או בלתי סביר.
כזכור, האירוע הקשה התרחש ביוני 2011, כאשר במהלך עבודות השדרוג, פגע מחפרון בצינור הדלק וגרם לדליפה אדירה של דלק סילוני בשמורת הטבע. על פי ההערכות, למעלה ממיליון וחצי ליטרים של דלק זרמו באפיק נחל צין. זיהום הדלק בשמורת הטבע איים על מעיינות חשובים במורד הנחל והיה צורך בפעולה מהירה להצלת השמורה. תוואי השטח לא אפשר כניסה מיידית אל אזור הדליפה.
הדליפה החמורה הובילה להשלכות אקולוגיות קשות, כאשר בין היתר צמחים התייבשו ומתו, בעלי החיים המתבססים על צמחים אלו נפגעו והיה חשש כבד כי הזיהום יסחף אל עבר מי התהום ואל נאות המדבר במורד הנחל, עקב גשמים והשטפונות האופייניים למקום. פקחים העידו שגם חודשים אחרי המקרה הנחל הצחין מדלק.
התרעות פיקוד העורף