לאחר סיום המבצע של צה"ל בג'נין, גורמים בצה"ל מעריכים כי בריחתם של חמושים רבים מעימות עם צה"ל, סדקה את המקום כסמל התנגדות. יחד עם זאת, בצבא מוטרדים מההיקף החריג של מטעני החבלה שאותרו והושמדו, כאלף על פי הערכות.

"קטסטרופה חדשה": כך נראית ג'נין לאחר פעילות צה"ל במבצע "בית וגן" | צפו
דובר צה"ל על המבצע בג'נין: "נחזור למחנה לעצור את המחבלים שברחו"

בשיחה שקיים עם כתבים צבאיים, מסר שר הביטחון יואב גלנט: "סיימנו מבצע מורכב נגד ארגוני טרור שונים במחנה הפליטים ג'נין. קטענו את מפעל ייצור הטרור בג'נין עם עשרות אתרים בהם היו בתי מלאכה לייצור מטענים, מעבדות ואמצעי אבטחה לכך. היו שם סליקים ומנהרה. יעדי המבצע הושגו במלואם".

עוד הוסיף: "מהבוקר יש לשב"כ ולצה"ל חופש פעולה אחר בג'נין עם יכולת להפעיל בעתיד עד לרמת צוות לוחמים שיוכל לנוע בסמטאות המחנה ולבצע משימתו - גם אם זה ייקח עוד סבב או שניים. ההפתעה הושגה מהתקיפה האווירית על החמ"ל המרכזי, כוחות גדולים שבאו מכיוונים שונים וליווי אווירי נרחב. בפועל, למרות דברי הרהב בטיק טוק, חמושי ג'נין ברחו או הסתתרו. אלו מחבלים שנלחמים עבור כסף ולא גיבורים".

גלנט המשיך לטעון לפחדנות של המחבלים: "רובם עזבו או בתיהם או הסתתרו בביה"ח - עדות לפחדנות שלהם בניגוד למה שהפגינו לפני זה. המימון לג'נין הוא איראני כולל ניסיונות שלהם לשנע אמל"ח למחנה הפליטים וההובלה הוא של הג'יהאד האיסלמי. כל מחבל שיחזור למחנה ג'נין לא יזהה אותו. זה לא סוף פסוק ואם נידרש נפעל שם שוב. נמשיך לנקוט בקו התקפי ויוזם כפי שעשינו נגד הג'יהאד בעזה.  בזכות הפעולה יהיה לנו קל יותר להגיע לחוליות המחבלים שנותרו חשופות ואני לא פוסל שחלקם יסגירו עצמם בקרוב למנגנונים".

בתוך כך, עוד מעריכים בצה"ל כי התופעה של מטעני החבלה המאולתרים, תתרחב לגזרות נוספות באיו"ש, זאת לאחר שעניין המטענים היה נפוץ פחות במהלך השנים האחרונות. כמו כן, בצבא מעודדים מכך שהרחוב הפלסטיני נותר אדיש יחסית לקרבות בג'נין. ונשמר בידול בערים פלסטיניות בגדה ואפילו בג'נין עצמה בין העיר למחנה הפליטים. הציבור הפלסטיני לא יצא ברובו המוחלט להפגין או להפר את הסדר - ואף לא לשבות במרבית המקומות. 

"הוכנו תשתיות חריגות של מטענים במחנה הפליטים. המבצע הזה לא פותר את בעיית הטרור באיו"ש ונצטרך למבצעים נוספים כאלו שיהיו לפי ההתנהגות בשטח", מסרו מטעם צה"ל והוסיפו: "יש לנו גם עוד מחבלים שצריך לעצור במקום".

עוד הוסיפו: "היקפי הכוחות הגדולים ישארו בימים הקרובים בפיקוד מרכז". בתוך כך, ההערכה בצבא מדברת על כך שחמאס לא עומד מאחורי הירי הלילה מרצועת עזה לעוטף עזה, אלא גורמים אחרים, יתכן שמהג'יהאד האיסלמי. יחד עם זאת, בצה"ל החליטו לתקוף יעדי טרור השייכים לארגון הטרור ברצועה".