בכירים בצה"ל: "בהחלטות הקשורות ליו"ש, נתניהו נותן לסמוטריץ' את הגיבוי". לצד הדברים הללו, בצה״ל מודים כי כבר עכשיו מורגשות מאוד בצבא ובמערכים השונים הפגיעה בכשירות ותחושת המשבר, וכי המשבר עוד ילך ויעמיק. נכון לעכשיו הגזרה המתוחה ביותר היא יהודה ושומרון - יותר מאשר הגזרה הצפונית מול חיזבאללה. בשטח צה״ל הגביר את הפעילות המבצעית בימים האחרונים לסיכול טרור, וכן את מאמצי ההגנה, הן בניסיון לעצור פיגועים והן לטובת הקטנת החיכוך בין יהודים לפלסטינים.

"לא אתן את חתימתי לכך": סמוטריץ' יצא נגד נתניהו וגלנט בישיבת הקבינט
עשרות מפגינים מול נופש נתניהו: מכת"זית ופרשים הגיעו למקום

מעבר לסוגיית הטרור הפלסטיני, שמטרידה ומעסיקה מאוד את מערכת הביטחון, בכירים במערכת מוטרדים מאוד גם ממגמות של התגברות האלימות והטרור מצד קיצונים יהודים. בסוגיה הזאת במערכת הביטחון מזהים שינוי מהותי בחודשים האחרונים בהתנהלות מול הדרג המדיני. 
לדברי הבכירים, ״בחלוקת הסמכויות בתוך הממשלה בין השרים יואב גלנט ובצלאל סמוטריץ', נוצרה בעיה מובנית שמקשה על תפקוד הכוחות בשטח״. הם הוסיפו כי לעתים מדובר בניגודי אינטרסים בין שיקולי הביטחון של גלנט לבין שיקולי ההתיישבות, שאותם מייצג סמוטריץ', שלאחרונה השפעתו גברה מאוד. 

אחת הטענות המרכזיות שנשמעות בתוך המערכת היא כי מאז המשבר ביחסים של שר הביטחון מול ראש הממשלה בנימין נתניהו חל שינוי מהותי. "בחודשים האחרונים, בעצם מאז משבר הפיטורים של גלנט, במאבק הסמכויות ביהודה ושומרון - עמדתו של סמוטריץ' מובילה פעמים רבות על עמדת מערכת הביטחון, גם במקרים של אי־אכיפת החוק", מסבירים הבכירים. 

"אם בתחילתה של הממשלה נתניהו וגלנט פעלו יחד לאכיפת החוק מול דרישות וביקורת שנשמעו גם מהצד של השר איתמר בן גביר, מאז משבר הפיטורים של גלנט נראה כי בהחלטות הקשורות ליהודה ושומרון, בתפר שבין מנהל אזרחי לביטחון, נתניהו נותן לסמוטריץ' את הגיבוי להוביל עם הקו שלו את סוגיות המנהל האזרחי. זה יוצר בשטח בעיות ומתיחויות גדולות מאוד, כמו מקרים של אי־פינוי מאחזים בלתי חוקיים, למרות המורכבות הביטחונית שהם מייצרים.