לאוניברסיטה קשרים הדוקים עם בכירי ההנהגה של חמאס, ביניהם בכיר המטה הכללי של חמאס, ג'מאל זבדה, אשר סוכל במהלך מבצע "שומר החומות" ושימש כראש מחלקת הפיתוח והפרויקטים במטה הייצור של ארגון הטרור, והועסק במשרה באוניברסיטה עד לסיכולו.
בנוסף, האוניברסיטה משמשת את הארגון גם לכנסים שמטרתם גיוס כספים למטרות טרור, ולהעמקה בתכנים שמטרתם הסתה נגד מדינת ישראל.
התרעות פיקוד העורף