אחת ההערכות לגבי לגבי מותו של אופיר, שגופתו הובאה לישראל מעזה על ידי חיילי צה״ל, היא שהוא נרצח סמוך לחטיפתו. עם זאת, על פי הערכה אחרת הוא הובא מאזור שיפאא ולא בהכרח נרצח סמוך לחטיפתו.
ע"פ אותה הערכה, אופיר נרצח לפני שהמחבלים נמלטו מאזור שיפאא, בדומה למקרה יהודית וייס ונועה מרציאנו שגופותיהן נמצאו גם כן סמוך לבית החולים. ככל הנראה, היה מרחק מזמן החטיפה ועד לזמן רציחתו, כלומר ההערכה לפיה נרצח בסמוך לחטיפתו לא בהכרח נכון, כשאת גופתו מצאו בשטח ליד שיפאא, ולא בתוכו. ע"פ ההערכות, הוא ככל הנראה נורה למוות לאחר שהמחבלים היו צריכים לברוח, והשאירו אותו במסגד ליד שיפאא.
התרעות פיקוד העורף