לטענתו של ברגותי, סוהרים בבית הכלא נכנסו לתאו בחודש דצמבר האחרון, אזקו אותו בידיים וברגליים ואף הכריחו אותו ללכת כפוף בצורה שהכאיבה לו. עוד טען כי מנהל הכלא היכה אותו ואיים "לפרק" אותו. משם, עבר לצינוק בכלא איילון למשך חמישה ימים.
בנוסף, המחבל טען כי התנאים באגף ההפרדה, שהכיר כבר מעברו כאסיר, הוחמרו. לדבריו, חלונות התא נאטמו מבפנים ומבחוץ וברוב הזמן החדר חשוך באופן המקשה אפילו על הליכה לשירותים. כמו כן, אמר ברגותי שהוא סובל מהתעללות של סוהרים. כך למשל, לטענתו, הוא לא קיבל בגדים להחלפה לאחר שהועבר תא, וסגל בית הסוהר ערך חיפושים בתאו כשהוא עירום ואזוק שלוש פעמים ביום.