ניתן להניח כי הצבא נערך בתוכניות לפעולה ברפיח שדורשת רגישות מסוג אחר בגלל היקף האוכלוסייה שפונתה מצפון ומרכז הרצועה לאזור זה.
על פי החשד, 12 מהעובדים היו חברים גם בחמאס וגם בג'יהאד האיסלאמי. כך למשל, אחד מהם חשוד בחטיפת אישה, השני חילק תחמושת והשלישי השתתף בטבח עצמו וביצע רצח באחד הקיבוצים בעוטף עזה. בנוסף, גורמי ביטחון ישראלים טענו בשיחה עם הניו יורק טיימס, כי שישה מהחשודים אותרו בתוך ישראל ב-7 באוקטובר על סמך איכון טלפוני, ואחרים היו במעקב בעת ביצוע שיחות טלפון ברצועת עזה. כמו כן, מתברר כי שלושה נוספים קיבלו הודעות טקסט שהורו להם להתייצב בנקודות איסוף ב-7 באוקטובר, כאשר לאחד מהם נאמר להביא רימונים וטילי נ"ט המאוחסנים בביתו.
בעקבות כך, מספר מדינות הודיעו על הפסקת המימון של הארגון, כשבמקביל, מזכ"ל האו"ם, אנטוניו גוטרש, מינה קבוצת בדיקה עצמאית בראשות שרת החוץ לשעבר של צרפת, קתרין קולונה, כדי לבדוק את "הנייטרליות" של סוכנות אונר"א על רקע החשדות שעובדים שלה השתתפו בטבח ה-7 באוקטובר. בהודעה מלשכת המזכ"ל נאמר כי הוועדה תבדוק אם הסוכנות "עושה כל שבסמכותה כדי להבטיח נייטרליות ולהגיב להאשמות על הפרות בעת שהן מבוצעות". הוועדה גם אמורה לספק המלצות לטובת שיפור וחיזוק המנגנונים והנהלים "כדי שיתאימו טוב יותר למשימה, תוך התחשבות בהקשר המבצעי, הפוליטי והביטחוני שבו פועלת הסוכנות".
הוועדה תתחיל בעבודתה ב-14 בפברואר, כאר אמורה להגיש דוח ביניים בסוף מרץ ודוח סופי יוגש עד סוף אפריל, ובלשכת המזכ"ל הבהירו כי הוא יפורסם בפומבי. ההודעה ציינה כי הבדיקה העצמאית תתבצע במקביל לחקירה שמנהל כעת משרד האו"ם לפיקוח פנימי על החשדות כי 12 מעובדי אונר"א השתתפו באופן פעיל במתקפת חמאס ב-7 באוקטובר. "שיתוף הפעולה של הרשויות הישראליות, שהעלו את ההאשמות האלה, יהיה קריטי עבור הצלחת החקירה", הדגישו באו"ם.
התרעות פיקוד העורף