בשבועיים האחרונים כוחות צה״ל ושב״כ ביצעו מבצע ממוקד בבית החולים שיפא. המבצע נעשה בעקבות מודיעין מקדים ומדויק של אמ״ן ושב״כ על ניהול פעילות של ארגוני טרור ברצועה מהמרחב ושימושו למרכז פיקוד ושליטה ומפקדה צבאית.
במבצע חיסלו הכוחות מאות מחבלים ונעצרו מעל 500 מחבלים המזוהים כמשויכים לארגוני טרור ברצועה. העצורים הועברו להמשך חקירה באגף המודיעין 504 ובשב״כ. כמו כן, הכוחות איתרו אמצעי לחימה רבים, מסמכים מודיעיניים ברחבי בית החולים, נתקלו במחבלים בקרבות פנים אל פנים וניהלו קרבות תוך הימנעות מפגיעה בצוות הרפואי ובחולים.
לטענת גורמים רפואיים ששוחחו עם אל-ג'זירה, מבני המתחם הרפואי לשעבר "נשרפו ויצאו מכלל שימוש". עוד אמרו שהיקף ההרס במתחם ובמבנים מסביב גדול מאוד, וטענו כי מאות גופות נמצאות במתחם, ברחובות, ובכבישים מסביב - ממערב לעיר עזה.