בשב״כ התנגדו לרשימה והציעו רשימה של אנשי חמאס אשר לא היו מעורבים באופן ישיר בטבח בעוטף עזה, או כאלה שהם מוגדרים תומכי פעילות חמאסית. ״שחרור המחבלים הוא קשה וכואב אבל האלטרנטיבה היתה יותר קשה וכואבת״, אמר גורם ביטחוני.
בשב״כ ובצה״ל פעלו בשנה האחרונה להתריע על המצב של מחסור במקומות כליאה. במערכת הביטחון אומרים כי בישיבת הקבינט האחרונה עלה עניין פינוי מתקן הכליאה בשדה תימן והעובדה כי יש לשחרר 120 מחבלים. גם אנשי תקשורת פנו בשאלות לדוברי משרד ראש הממשלה בנושא והתשובה שניתנה השבוע שטרם התקבלה הכרעה והנושא נבחן על ידי המלל וגורמי הביטחון.
השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר: ״טוב עשה ראש השב״כ שהודה בטעות החמורה שעשה אירגונו. כעת הוכח כי הטלת האשמה בשירות בתי הסוהר בשיחרור מנהל בית החולים שיפא׳ הייתה זריעת חול בעיניי הציבור. מצופה כי גם האג'נדה והתפיסה הארגונית של השב"כ תעבור חשבון נפש״.