עוד עולה כי מיד לאחר מכן תקף צה״ל את מתחם המנהרה בו נמצאו החטופים, מבלי לדעת שהחטופים במקום. כתוצאה מהתקיפה נהרגו יתר השוהים במנהרה בהם מחבלי חמאס שהופקדו על שמירת החטופים.
ההערכה בצה״ל היא כי המחבלים הבחינו בכוחות צה״ל מתקרבים לשכונה הקטארית במהלך התמרון הראשון בח'אן יונס והוציאו להורג את החטופים ביריות.
תחילה סברו בצה״ל כי חמישה מתוך ששת החטופים נהרגו בשוגג מהתקיפה הישראלית במהלך התמרון הקרקעי בח'אן יונס, אולם הבדיקה במכון לרפואה משפטית שינתה את ההערכה זאת.
מבצע החילוץ בוצע בפיקוד אוגדה 98 על ידי לוחמי חטיבת הצנחנים, יחידת יהל״ם וגדוד 75 יחד עם לוחמי שב״כ. המבצע התאפשר הודות למודיעין מדויק של שב״כ ושל יחידות המודיעין ומפקדת החטופים באגף המודיעין.
בעזה נמצאים כעת 109 חטופים, בהם 36 שאינם בחיים.