מחנה הפליטים ג'נין נחשב ל"ראש הנחש" של הטרור באיו"ש. סיפורו של המחנה הוא חלק בלתי נפרד מהנרטיב הפלסטיני של הלחימה נגד ישראל בשנים האחרונות. העובדה כי למרות עשרות המבצעים ומאות המחבלים המחוסלים, רשימת המבוקשים של השב"כ רק גדלה מיום ליום, מעידה על המורכבות שנוצרה בשנה האחרונה באיו"ש.
התחזקות הטרור החלה עוד לפני מלחמת חרבות ברזל, אך התגברה לאחרונה. בעוד ישראל דורשת מצה"ל לפעול כך שרמת האלימות והטרור באיו"ש תהיה נמוכה, איראן פועלת בדיוק ההפך – מדליקה את האש באיו"ש ומעודדת צעירים פלסטינים להשתתף בפיגועים.
בצה"ל מציינים כי הרבה אמל"ח תקני עושה דרכו לאיו"ש דרך הגבול המזרחי. קיים חשש מכניסת טילי נ"ט, רקטות, פגזי מרגמה, ולבנות חבלה תקניות. בצה"ל מבינים שיש זליגה של שיטות לחימה וידע מעזה ומלבנון אל ג'נין ומשם לכל מרחבי איו"ש, כולל הקמת מנהרות תת-קרקעיות. למרות שהאדמה בצפון השומרון קשה לחפירה וסופגת מים, בצה"ל מזהים מספר תופעות מדאיגות: בג'נין יש כוח עבודה גדול של עובדי בניין, רבים מהם מובטלים, והכסף המוצע להם על ידי ארגוני הטרור הוא המקור היחיד לפרנסה. כמו כן, קיים לחץ של פלסטינים לחצות לישראל בכל דרך אפשרית, והפלטפורמה התת-קרקעית קורצת למבריחים.
במהלך הפעילות בג'נין, צה"ל הופתע מכמות מטעני החבלה שהונחו בצירים, חלקם בייצור מקומי. במספר בתים ומבנים נמצאו מעבדות חבלה, ובגן ילדים אף נמצא מחסן מטענים. חיל ההנדסה פיתח שיטת לחימה ייחודית המונעת את הפעלת המטענים על הכוחות הנכנסים לשטח.
בצה"ל מדווחים כי איראן מציפה את מחנות הפליטים בג'נין, נור א-שמס, באלטה, פרעה, טובאס ואחרים בכסף רב. "אין כבר אידיאולוגיה או שיוך ארגוני," אומר קצין בכיר בגזרה, "היום בג'נין הכי משתלם כלכלית להיות מחבל."
במהלך הלחימה בצפון השומרון חיסלו כוחות צה"ל, מג"ב והשב"כ כ-30 מחבלים. למרות זאת, רוב תושבי מחנה הפליטים והשכונות המזרחיות נמלטו לעיר ג'נין. בצה"ל אומרים כי הלחימה בג'נין מאתגרת את הכוחות בלחימה עיקשת, וכי יש צורך בפעולה מתמשכת למניעת חידוש הטרור.