במהלך 2017 בדק משרד המבקר את אופן ניהול תכניות המחקר והפיתוח במערכת הביטחון ובפרט את הגוף המרכזי שעוסק בתחום - המינהל למחקר, פיתוח אמצעי לחימה ותשתיות טכנולוגיות. משרד המבקר מצא ליקויים בהיעדר תכנית פיתוח ביטחונית כוללת - למרות האחריות שהוטלה על מפא"ת לרכז ולתאם את כלל פעילות המחקר והפיתוח, הוא אינו מרכז נתונים לגבי תכניות המחקר והפיתוח בכלל גופי צה"ל ומשרד הביטחון, דבר הפוגע בתיאום הנדרש בין גופי הפיתוח השונים.
המבקר מוצא ליקויים בקשרי הגומלין בין מפא"ת לצה"ל בתחום המחקר והפיתוח- בחינה וגיבוש תוכניות המו"פ למתן מענה לצה"ל, אינו ממוסד, אינו שיטתי ואינו מוסדר בצורה מספקת. אגף התכנון בצה"ל לא קיים עבודת מטה לבחינת המעורבות הנדרשת של צה"ל בתהליך גיבוש תוכניות העבודה של מפא"ת.
המבקר מוצא חולשה של צה"ל בכל הנוגע להערכת הצרכים המבצעיים וכיווני בניין הכוח בטווח הארוך, ועל פי העולה מהביקורת צה"ל אינו פועל באופן מספק למפקד את מפא"ת בצרכיו לטווח הזמן הארוך. עוד מוצא המבקר פגמים בניהול ובשימור המידע במפא"ת וחובר בהירות בהגדרת ייעוד המו"פ המרכזי למערכת הביטחון.
התרעות פיקוד העורף