כוכבי זעם על השימוש ההדלפה, ועל השימוש הפוליטי בדבריו, ושיגר מכתב לראש הממשלה בנימין נתניהו, בוא הוא אמר כי הוא רואה את הדברים בחומרה, וביקש כי בפתיחת ישיבת הקבינט הבאה תינתן לו רשות הדיבור כדי להביע את מחאתו ישירות בפני השרים. על פי הדיווח, כמה שעות לאחר שראש הממשלה קיבל את מכתבו של כוכבי, התקשר השר לרמטכ"ל כדי ליישר את ההדורים, וגורמים שמעורים בתכני השיחה ציינו כי כ"ץ התנצל והדגיש כי לא התכוון לפגוע ברמטכ"ל או להביך אותו. בשעות הערב של יום שני נתניהו שוחח גם כן עם כוכבי בעקבות המכתב ששיגר.