מבנה הנהגת הג'יהאד האסלאמי שונה לחלוטין, עם הנהגה מדינית שהמפקדה שלה בסוריה, גם למזכ"ל הארגון זיאד נחאלה, שליטה מוגבלת על המתרחש בעזה. אבל ההבדל הגדול אל מול החמאס, שלג'יהאד האסלאמי אין אחריות שלטונית. בדרך כלל בשנים האחרונות הארגון נזהר מאוד מלפעול בניגוד לאינטרסים של חמאס ושני האחרונים פועלים בדרך כלל בתיאום ונזהרים מעימותים אלימים אחד עם השני.
במערכת הביטחון היו סבורים כי בשלב מסוים, אל-עטא, שלא בדיוק ספרו אותו כמנהיג או מפקד צבאי משמעותי עד לפני כמה שנים, התחיל כנראה להאמין באמת שהוא סוג של בעל בית ברצועה, במיוחד כאשר חמאס נזהר מאוד שלא לרסן אותו וסביר להניח שבחמאס לא ימהרו להזיל דמעה על עצם החיסול.
התרעות פיקוד העורף