בעקבות קבלת ההמלצות והצעדים הפיקודיים על ידי הרמטכ"ל אביב כוכבי, נקבע כי מפקד מצ"ח באר שבע הקודם, קצין בדרגת רב סרן, יודח מיחידת מצ"ח, לא ישרת בתפקיד פיקודי במשך שש שנים וקידומו יעוכב לשש שנים, זאת בשל אחריותו הפיקודית, בין השאר לשני רכזי המודיעין שבעניינם מתנהל הליך משפטי בבית הדין הצבאי והוגש כנגדם כתב אישום בחודש ספטמבר 2019, שבו מיוחסות להם עבירות של ידיעות כוזבות, אי קיום פקודות והתנהגות שאינה הולמת.
מפקד מרחב דרום במצ"ח הקודם, קצין בדרגת סגן אלוף, ננזף על ידי ראש אגף כוח אדם, האלוף מוטי אלמוז.
בנוסף קבע הרמטכ"ל גם בנוגע למפקדיו של לובטון בבית הספר למ"כים שם שירת בקורס פיקודי, כי עלו ליקוים במימוש האחריות הפיקודית ובעיות נוספות שעלו בנוגע למאמצי החיפוש של החייל.
על אף שלא נמצאה אחריות ישירה או עקיפה לגרימת מותו של לובטון, מפקד החטיבה, הגדוד והפלוגה ננזפו על ידי מפקד זרוע היבשה, האלוף יואל סטריק, בשל תפקוד לא מספק בשלב החיפושים אחר החייל, לאחר שדווח על היעדרותו.
מעבר להחלטות הפיקודיות, קיבל הרמטכ"ל את המלצות הוועדה לחזק את מערך המודיעין של מצ"ח, עדכון נוהלי העבודה של המערך, קביעת נוהל מסודר בצה"ל על פעולות נדרשות ממפקדים לביצוע במידה וחייל נעדר, לרבות פעולות חיפוש ועוד.
בנושא זה סיכם הרמטכ"ל: "חלק מחוזקותיו של צה"ל טמונות גם ביכולתו למנוע תופעות של עבריינות. למשטרה הצבאית ולמערך המודיעין בתוכה במסגרתה, יש תפקיד חשוב ומרכזי בכך והישגים רבים לאורך השנים. לצד זאת הוא הוסיף, יש להקפיד הקפדה יתרה על שלומם ובריאותם של החיילים, לוודא כי מתקיימים מנגנונים פיקודים ומקצועיים שיבטיחו שמירה על האיזונים והנורמות המתחייבות".
התרעות פיקוד העורף