כאמור, צה"ל הבהיר מוקדם יותר כי שלושה חיילים הגישו תלונה נגדו, אחד מהם אמר כי חש מאוים. כמו כן, בצה"ל מבהירים כי באירוע לא יהיו זריקות אבנים מצד הפלסטינים והאזרחים הישראלים, למעט החשוד שנעצר, זאת בניגוד לטענה הראשונית. נוכח סירוב החייל ובשל ידויי האבנים, החייל הועבר לטיפול המשטרה.
בעקבות ממצאי התחקיר על ידוי האבנים: גנץ ובר-לב חזרו בהם
שר הביטחון חזר בו מהודעה הגינוי לתקרית יידוי האבנים בדרום הר חברון ומסר: "מצר על הקביעה הנחרצת בנושא מול העובדות". השר לביטחון פנים הצטרף לדבריו: "מבקש להתנצל"
התרעות פיקוד העורף