בעקבות ממצאי התחקיר, הורה מפקד מג"ב על הגדרת רף מחייב לביצוע התרגולות במעבר, הכשרה ייחודית מקצועית למפקדי המעבר, התקנת תשתית טכנולוגית מספקת לצרכי המשימה במעבר וכן על קיום מנגנון פיקוח קפדני.
מפקד מג"ב הורה ליישם באופן מיידי את כלל הלקחים בכל המעברים שבאחריות מג"ב בעוטף ירושלים. כמו כן, הנחה את מפקד בית הספר החיילי להקים הכשרה ייעודית לפיקוד במעברי עוטף ירושלים. בנוסף, המליץ מפקד מג"ב לאזרח את כלל המעברים בעוטף ירושלים לאור אופי הפעילות בהם.
הרמטכ״ל שיבח את התחקיר המקצועי והמעמיק שבוצע על ידי מג"ב. כוכבי קיבל את מסקנות התחקיר וסיכם כי תוצאות האירוע כואבות וקשות. עוד קבע כי מצופה היה מהלוחמים באירוע לחתור למגע, וכי הם פעלו באופן שאינו תואם את המצופה מכל לוחם במערכת הביטחון. הרמטכ"ל פירט שורה של לקחים שיש ללמוד מהאירוע, הן באשר לתפעול השוטף במעבר, והן באשר לכשירות והתרגולות הנדרשות מהלוחמים.
הרמטכ"ל החליט על הפסקת פעילותם של לוחמי צה"ל במחסום שועפט תוך חודש ימים, זאת בעקבות אופי המשימה במחסום, שתכליתו מעבר של אזרחים ותושבי ישראל. בהמשך לכך, הנחה להגדיל את הקצאות הלוחמים למג"ב, לטובת הצבתם במשימת הבידוק במחסום שועפט. עד להכשרת הלוחמים, הורה מפקד מג"ב על הסטת פלוגת לוחמים ממג"ב איו"ש למחסום.
בסיכום התחקיר אמר הרמטכ״ל כי ״עבודת כוחות הביטחון במעברים חשובה לביטחון המדינה ומנעה פיגועים רבים בעבר. מדובר באירוע חמור, מקצועית וערכית. ראשית מכיוון שאיבדנו את הלוחמת סמל נועה לזר ז״ל, משנית בשל חוסר מקצועיות ואי חתירה למגע, המחבל לא נוטרל ולא נעצר. יש לבצע את הפעולות המידיות שהוגדרו למימוש לקחי התחקיר בהקדם, ולהטמיע אותן בקרב כלל כוחות הביטחון. אני שולח את תנחומיי העמוקים למשפחת לזר, מחזק ומחבק אותה".
התרעות פיקוד העורף