גם בג'יהאד האסלאמי תקפו בחריפות את הרשות הפלסטינית, ובהצרה הרשמית מטעם ארגון הטרור, נמסר כי "אנו רואים בהתנהגות המחפירה ניוון מוסרי ונוהג שנדחה על ידי העם הפלסטיני, שבניו החופשיים התאחדו במחנות בג'נין ובכשם על מנת להיאבק מול כוחות הכיבוש". בנוסף, נמסר מטעם הארגון כי "כל זירות המולדת התאחדו, בכל הערים, הכפרים והמחנות, סביב גישת הג'יהאד המייצגת קונצנזוס לאומי. וכל ניסיון לסטות מכך, נדחה על ידינו".
כמו כן, מטעם מפלגת העם הפלסטינית, נמסר כי "דיכוי הלוויה של מבצע הפיגוע בחווארה אינו מקובל. אנו מגנים זאת ודורשים לפתוח בחקירה מיידית".
התרעות פיקוד העורף