בתוך 15 דקות התסיימה הפעילות בג'נין, זאת לאחר שכוחות נוספים הגיעו למקום. האירוע דרמטי ארעה בלב העיר לאחר שכוחות מיוחדים של צה"ל, ימ"מ, מג"ב ובהפעלה מדויקת של השב"כ, פעלו במטרה לבצע מעצר של שני מחבלים - נאדל אמין חזאם, פעיל גא"פ ותושב מחנה הפליטים ג'נין, שעומד מאחורי פעילות טרור משמעותית לרבות ייצור מטענים וירי לעבר כוחות צהל, וכן יוסף אבו אשרין, גם הוא פעיל גא"פ ותושב המחנה.
נציין כי הלוחמים היו ברכב סמוי, זיהו את המחבלים כשהם חמושים ומתהלכים ברחוב. הלוחמים פרסו מהרכב, ובעת שבוצע ירי לעברם, הגיבו באש וחיסלו את המחבלים. בתיעוד מצולם נראים הלוחמים כשהם חולפים סמוך אחד המחבל ומבצעים ירי לחסלו. הפעילות הזו עוררה מהומות קשות בג'נין, כשהלוחמים נלכדו בקרב חילופי אש, במהלכו הסתררו באחד מבית עסק על מנת להגן על עצמם.
לאחר חיסול המחבלים, הצהיר דובר הג'יהאד האסלאמי, טארק עז א-דין, כי "ישראל תישא באחריות ותשלם מחיר על הפשע הפחדני שבוצע על ידי כוחותיה המיוחדים כנגד הלוחמים של העם הפלסטיני". דובר החמאס, עבד אל-לטיף אל-קאנוע, אמר כי "הפשע של ישראל בג'נין נגד גיבורי ההתנגדות לא יישאר ללא מענה. עמנו מסוגלים לפגוע בכיבוש ולגרום לו לשלם מחיר כבד על פשעיו. ההתנגדות הפלסטינים בגדה נוכחת ותסלים, ואף אחד לא יכול לעצור או למנוע ממנה להגיב על פשעי הכיבוש".
דוברו של אבו מאזן, נביל אבו רודיינה, הגיב למבצע בג'נין ואמר: "המשך הפעולות האגרסיביות מאשרות שישראל כלל לא מעוניינת להרגיע את המצב, בניגוד לכל המאמצים הבינלאומיים למנוע הסלמה במהלך חודש הרמדאן. אין די בגינויים, ומה שנדרש הוא צעדים מעשיים בשטח על ידי הממשל האמריקאי, כדי לעצור את הצעדים הישראלים החד-צדדיים".
תחילה, פעלו הכוחות למעצר מבוקשים שהיו מיועדים למעצר על רקע מספר פיגועי ירי, אולם במהלך הפעילות בוצע כאמור הירי לעבר מסתערבי מג"ב מרכבם של המבוקשים. מסתערבי מג"ב השיבו באש והרגו את שלושת החמושים שהיו ברכב, בהם שניים ממיועדי המעצר, אחמד פשאפשה וספיאן פאח'ורי, פעילי גא"פ צבאיים תושבי ג'בע וכן פעיל צבאי נוסף, נאיף מלאישה, שהשתחרר בחודש הקודם ממעצר.
התרעות פיקוד העורף