את שירותו הצבאי החל אמונה בגדוד 101 של הצנחנים, פיקד על הפלוגה המסייעת בו ובהמשך על הגדוד כולו. בין לבין, תפקד אמונה כסגן מפקד יחידת מגלן וראש ענף חי"ר במרכז לאימונים באש במל"י. במהלך מבצע "צוק איתן" קיבל גדוד 101, שבראשו עמד בתקופה זו, צל"ש אלוף. בשנת 2016 הוא חזר ליחידת מגלן, הפעם כמפקדה.
כשלוש שנים לאחר האירוע, בעקבות ממצאי חקירת מצ״ח וחוות הדעת של הפצ״ר, קיבל הרמטכ״ל לשעבר, אביב כוכבי, את המלצותיהם של הפצ״ר ומפקד פיקוד המרכז, והחליט כי אמונה יינזף פיקודית וקידומו ייעצר בשנתיים. בנימוקי ההחלטה נכתב כי אמונה "ננזף בשל כך שידע על אירוע הקפיצה לשיחים ביחידה לאחר שראה סרטון של אירוע דומה לאירוע בו נפצע הלוחם, ולא פעל באופן מספק לבירור הנושא ולהפסקת המנהג הפסול".
בהתייחס לשירותו הצבאי אמר: “התפקידים מחייבים טוטאליות, הירתמות ושליחות מוחלטת של כל הבית. אם אתה מסתכל על התפקידים האלה מזווית אחרת, אתה לא ראוי להם”.
התרעות פיקוד העורף