כמו כן, מפקד האוגדה תת אלוף איציק כהן, יינזף פיקודית בשל אחריותו הכוללת באירוע ובתוך כך היעדר בקרה על דרך מימוש הנהלים. כך שלמעשה התברר כי למרות הנחיה מפורשת שלו כי משמרות בגזרה תהיינה משמרות של ארבעה לוחמים, בוצעו בגזרה במשך חודשיים משימות על ידי צמד לוחמים בלבד.
מפקד גדוד ברדלס יינזף פיקודית, ובנוסף לכך, לא יקודם במשך חמש שנים הקרובות, אך ימשיך בתפקידו. בכירים בצבא טענו כי לצד ההחלטה להעניש קצינים בכירים באופן חמור בשל הטעויות והתקלות, לא מדובר בהתרשלות בתפקיד.
הנחית מפקד האוגדה כי כל המשימות לאורך הגבול יבוצעו בצוות של ארבע לוחמים לא בוצעה ללא ידיעתו במשך חודשיים עד לפיגוע. זמן אורך המשמרות המבצעיות הוארך משמונה שעות ל-12, זאת בהחלטת המג״ד בלבד וללא ידיעת מפקד החטיבה ומפקד האוגדה.
אלוף פיקוד הדרום גיבה את החלטת מפקד האוגדה לחתור למגע עם המחבל בשטח ולא להמתין לסיוע אווירי ואומר כי בתנאים שהיו ומתוך החשש לחיי מטיילים מדובר בהחלטה נכונה.
בעשרה לשבע המכ״מ מזהה באזור הגדור תנועה חשודה, התצפיות סרקו בגזרה ולא מצאו דבר והאירוע למעשה לא נבדק על ידי מפקדים. בדיעבד ההערכה היא כי מדובר בזיהוי של המחבל.
למחבל לקח כחמש דקות עד שהצליח לחתוך את האזיקונים שסגרו את המעבר, ולאחר מכן התקדם באיטיות לעבר הלוחמים. האירוע עצמו בו נהרגו שני הלוחמים ארך כעשר שניות.
עוד על פי התחקיר, חיילת שנכחה במרחק לא רב מהפיגוע, שמעה את קולות הירי וראה דמות שהלכה באזור, אך חשבה כי מדובר באחד החיילים. עוד נכתב כי החיילת סברה כי מדובר בירי שבוצע בתוך מצרים. כמו כן, אחד הגששים סבר כי המחבל חזר לשטח מצרים. למרות זאת, מחליטים המפקדים הבכירים להתייחס לאירוע ככזה שבו יש חשד שהמחבל עדיין בשטח כל הכוחות בגזרה מוקפצים. עוד פורסם כי כוחות קומנדו שהוקפצו לאירוע הגיע למקום, רק לאחר חיסולו של המחבל.
בצה״ל סבורים כי מדובר בהחלטה סבירה של המח״ט בבחירת מיקומו והוא גם זה שהוביל את ההסתערות שבה חוסל המחבל בסופו של דבר. אבל מהתחקיר מתברר שאוהד שכל את הקסדה ברכב המח״ט והיה ללא קסדה כאשר המחבל פתח באש ממרחק של כ-200 ופגע בו פגיעה קטלנית שהובילה למותו.
הוא סיפר על המפגש שערך מוקדם יותר עם משפחות החיילים שנהרגו: ״לפני כעשרה ימים, איבדנו לוחמת ושני לוחמים, מהטובים ביותר שיש לנו, בעת שהיו במשימת הגנה על גבולות המדינה. המפקדים פגשו הבוקר את משפחותיהם, מתוך חובה עמוקה למשפחות השכולות, ועדכנו אותם בפרטי התחקיר של האירוע הקשה, שבו איבדו את היקר מכול".
"חשוב לי לומר שגדוד ברדלס והגדודים האחרים שמגנים על גבולות סיני וירדן הם גדודים שהסטנדנט שלהם גבוה מול פעילות חבלנית עוינת. על אף הקשיים ועל אף התקלות שעלו באירוע הזה והצגנו אותם מבלי להשאיר אבן אחת שלא הפכנו. מדובר במפקדים הטובים ביותר שיש לנו וגם שהחלטנו פה החלטות קשות מאוד המפקדים האלה הם מתמסרים למשימה, הם ובני משפחותיהם ואנחנו זוכרים את הדבר הזה היטב. התחקיר היה מהיר במיוחד אבל יסודי", הוסיף.
טולדנו הציג שני כשלים מרכזיים שעלו מתוך התחקיר: "הראשון, הוא התייחסות למעבר הביטחוני המיוחד, שנתפס אצלנו בשיטה כמעבר סמוי, שהוא חצי מטר על חצי מטר. המעבר הזה מתורגם כך בצורה הזאת מאז הקמת גדר המעבר, המעבר הזה משמש אותנו לצרכים ביטחוניים. אי עדכון הכוח במעבר הזה הוא כשל מערכתי. הוא נקודה שלא שמנו לב אליה ולא היינו ערים אליה. הוא כשל רב שנים הוא שם אותנו מולו בצורה בולטת, היה מצופה שהיינו מבינים את זה, לצערי הרב לא ידענו מזה".
"הכשל השני הוא בהיערכות הגדודית. מצד אחד היא נתנה לו מענה גבוה, צריך לומר שזו לא פעילות גבוהה - הברחה זאת פעילות אלימה. הברחת גבול מסוכנת במדינת ישראל מכמה סיבות: יכול לחבור אליה הטרוריסט, שוחקת את הגבול ומכניסה סמים ואמצעי לחימה לישראל", הוסיף.
הוא התייחס למענה שניתן לכשלים שנמצאו: "המערך שבנינו היה איכותי אל מול זה וגם נתן מענה באותו לילה ולצערנו הרב המתיחה שלו לא עמדה מול המחבל שהגיע לפיגוע. אז שני הכשלים מתורגמים לעקרונות - אבחנה והדדיות. חשוב לי לומר שבתוך כל התחקיר לא מצאתי כשלים ערכיים אלא מקצועיים, חובתנו ללמוד מזה ולהסיק מזה את המסקנות ולממש אותם מהר ככל הניתן".
התרעות פיקוד העורף