הממצאים הועברו כמקובל לבחינת הפרקליטות הצבאית, לשם קבלת החלטה בדבר פתיחת חקירת מצ"ח לבירור נסיבות המקרה. כמו כן בעקבות ממצאי התחקיר החליט מפקד חטיבת ׳כפיר׳ על נקיטת הליך של נזיפה פיקודית בעניינו של קצין בפלוגה בגין ירי לאוויר בניגוד לפקודות.
מיד לאחר המקרה, האירוע תוחקר בשטח על ידי מפקד חטיבת אפרים, אלוף-משנה מורדי וייס ולמחרת על ידי מפקד אוגדת יהודה ושומרון, תת-אלוף אבי בלוט ומפקדים נוספים.
מממצאי התחקיר עולה, כי תצפיתנית דיווחה כי מזהה שני מחבלים יורים לעבר היישוב והעמדה. הכוח שאבטח בעמדה, קיבל את הדיווח ושמע את הירי, אך לא זיהה את מקור האש. קצין בפלוגה הגיע למקום והחל בסריקות במרחב הכפר לאיתור המחבלים. במהלך הסריקה, זיהה רכב חשוד וביצע ירי באוויר בניגוד לפקודות. בזמן זה התצפיות זיהו את בריחתם של המחבלים.
במקביל, לוחם שהיה בעמדה סמוכה לכפר, זיהה שתי דמויות נכנסות לרכב. הלוחם חשב כי מדובר במחבלים הבורחים מהמקום, וכי הם יורים לעברו מהרכב. לאחר קבלת אישור ממפקדו, הלוחם ירה מספר כדורים לעבר הרכב. מהתחקיר עלה כי רצף האירועים ושמיעת הירי של הקצין בסריקות בכפר, גרמו לכך שהלוחם סבר כי מדובר בירי של המחבלים הנמלטים.
בתחקיר התגלו פערים בפיקוד ובשליטת המפקדים באירוע, וכן בדיווחים ובשיח בין הכוחות בשטח אשר הובילו לקבלת החלטות שגויה. ממצאי התחקיר הועברו כמקובל לבחינת הפרקליטות הצבאית, לשם קבלת החלטה בדבר פתיחת חקירת מצ"ח לבירור נסיבות המקרה.
כאמור, בעקבות ממצאי התחקיר, החליט מפקד חטיבת ׳כפיר׳, אלוף-משנה שרון אלטיט על נקיטת הליך של נזיפה פיקודית בעניינו של קצין בפלוגה, בגין ירי לאוויר בניגוד לפקודות.
מפקד פיקוד המרכז, האלוף יהודה פוקס קיבל את ממצאי התחקיר וסיכם כי: ״כוחות צה"ל פועלים בסביבה אזרחית שמתוכה מחבלים מבצעים פיגועים ופעולות טרור. אנו עושים ככל שביכולתנו על מנת שלא לפגוע בבלתי מעורבים. אני מצר על הפגיעה באזרחים ועל מות הפעוט, נמשיך ללמוד ולהשתפר על מנת לפגוע באופן מדוייק בטרור״.
התרעות פיקוד העורף