עם זאת, למרות דברי המקורות, פקידים אמריקאים ששוחחו עם הרשת הדגישו שוושינגטון מסכימה עם ההערכות בישראל לגבי האופן שבו ארגון הטרור השולט בעזה משתמש בבית החולים שיפא. לדבריהם, "אין סיבה לפקפק בטענה הישראלית, השקפת המודיעין האמריקאי היא שחמאס הקים תשתית טרור משלו בבית החולים שיפא, כולל מרכז פיקוד. פעילי הארגון משתמשים גם בבתי החולים האחרים בעזה כבסיס לפעולות צבאיות".
כאמור, במסגרת תדריך מיוחד לתקשורת הבין לאומית חשף דובר צה"ל מידע רב המוכיח כי חמאס משתמש בשגרה ובחירום בתשתיות הומניטריות ברצועת עזה לטובת פעילות הטרור שלו תוך שהוא מנצל את המחסה ההומניטארי לטובת הגנת מחבליו וראשי ארגון הטרור.
על פי דובר צה"ל, בבית החולים מספר מתחמים תת קרקעיים המשמשים את ראשי ארגון הטרור החמאס להכוונת פעילותו ומנהרה המגיעה לבית החולים, ומאפשרת כניסה למפקדת החמאס שלא דרך בית החולים. בנוסף, בתוך בית החולים קיים מרכז שליטה של בטחון הפנים של חמאס, אשר מאויש באופן רחב בחמושים בשגרה ובחירום וממוקמת מפקדת טרור, ממנה מתבצעת הכוונת טרור לירי רקטי, הכוונת כוחות, אחסון אמל"ח, נשקים ותחמושת.
התרעות פיקוד העורף