לפי הדיווח, בית החולים אל שיפא הפך למרכז פעילותו של חמאס, ולפי גורמי ביטחון ישראלים, מחבלי החמאס דאגו לפתח את המתקן התת קרקעי מתחת לבית החולים במשך 16 שנים. עם הזמן, נבנה מתחם פיקוד עצום מתחת והוקמו בסיסים דומים מתחת למתקנים רפואיים נוספים ברצועה.
לפי אותם גורמי ביטחון ישראלים, המתחם מתחת לשיפא הוא אחת המטרות העיקריות של המלחמה שלא יישאר על כנו. "בתי החולים יהיו מוקפים, יופעל לחץ על אנשים לעזוב", אמר צ'אק פרייליך, לשעבר סגן היועץ לביטחון לאומי האמריקאי בישראל, "אני לא רואה את ישראל פועלת נגד האזרחים, אבל צריך לפנות את בית החולים - או לפחות מה שמתחתיו. רק כך ניתן לסיים את שלטונו של חמאס בעזה, אם כי זה לא הולך להיראות טוב".
לפי אותם גורמים, חמאס חפר שטחים מהמרתפים המקוריים של שיפא, ולאחר מכן העמיק והוסיף קומות וחיבר אותו לרשת העצומה של מנהרות שבנה ברחבי הרצועה. בכיר לשעבר בשב"כ, אמר שגם חמאס וגם המודיעין הישראלי התייחסו לרשת כ"מטרו" והשוו את המתחם מתחת לאל שיפא לתחנה מרכזית של מערכת הרכבת התחתית בניו יורק.
פקיד השב"כ לשעבר ושני גורמים ישראלים נוספים אמרו כי המתחם כולל מספר קומות עם חללים ייעודיים לחדרי ישיבות, חדרי מגורים ומתקני אחסון שיכולים להכיל לפחות כמה מאות אנשים. כמו כן, דווח כי ישנם מספר מתחמים תת קרקעיים המשמשים את מנהיגי הארגון וכן המתחם מסתמך בחלקו על חשמל המופנה משיפא וישנן מספר כניסות אליו בבית החולים ובסביבתו.
בנוסף, נטען כי גורמי מודיעין ישראלים אפשרו ל"טיימס" לעיין בתמונות שהתיימרו להראות כניסות סודיות למתחם מתוך בית החולים. שלטים המזהים את המיקום בשיפא נראו בבירור בתצלומים.
התרעות פיקוד העורף