רונן בר מציין במכתבו לשופטים שורה של דברים מטרידים. בר שם את סוף חודש נובמבר שנה שעברה כנקודת השבר ביחסים בין ראש הממשלה לבינו. הפיטורים יצאו לדרך אחרי שהוא סירב לקבוע שאין לקיים את עדות נתניהו בשל אילוצים ביטחוניים. הוא גם סירב לסגור משיקולי אבטחה את הדיון לדלתיים סגורות ללא נוכחות קהל. לבסוף נמצא מוצא חלקי שהשב"כ המליץ שהדיונים יתקיימו בתל אביב. הסוגיה כבר עלתה ופורסמה אך הערב טוען ראש השב"כ כי היה זה כאמור הסימן להידרדרות ביחסים ביניהם.
דבר נוסף שבר מעלה במכתב ועל כך ביקש להעיד בדלתיים סגורות בפני בג"ץ על פרשת קטארגייט. וכן על הדרישה של ראש הממשלה להפעיל את השב"כ על אזרחים ישראלים. אגב טענה מסוג זה כבר עלתה גם היא בעבר מצד לפחות ראש שב"כ אחד קודם.
לדברי רונן בר, היחסים בינו לבין נתניהו הידרדרו גם על רקע פרשת המסמכים המסווגים. "החקירה בנושא הייתה לצנינים בעיני ראש הממשלה, והוא התבטא פומבית בגנות רשויות החקירה, תוך שכינה אותן 'מכונות צייד'". בר אמר כי נוהלו בכהונתו באותה תקופה עוד 17 חקירות בסוגיות דומות, אך רק ביחס לחקירה הזו הותקפו רשויות החקירה על ידי הדרג המדיני.
בנוגע לחקירת פרשת קטארגייט אמר בר: "אל מול החקירה מתנהל מסע השחרה ודה-לגיטימציה. זה נועד להרתיע את גורמי החקירה ואכיפת החוק".
"השב"כ ממשיך לפעול ולתפקד, הוא מבצע את המשימות למרות הטרללת הזאת ברקע. גם ראש השב"כ ממשיך בעבודה, מפקד על המבצעים והוא משתתף בדיונים ובישיבות קבינט ביטחוני, כל זה היה גם השבוע."
במכתב מציין בר כי עתיד ועצמאות השב"כ מונחים על השולחן: "על הפרק ניצבת יכולתם של ראשי השב"כ הבאים להוביל את הארגון ולממש את ייעודו, על פי העקרונות הקבועים בחוק", כתב בר. "להבנתי, ביסוד הפסקת הכהונה עומדת ציפיית הדרג המדיני לנאמנות אישית. כשהדרג המדיני הגיע למסקנה כי נאמנות זו לא מתקיימת מצידי - הממשלה החליטה לקדם את הפסקת כהונתי".
התרעות פיקוד העורף