במסגרת המבצע, גורמי המודיעין דרגו את מדעני הגרעין של איראן לארבע רמות לחיסול, מהרמה הגבוהה ביותר ומטה. ככל שמדען היה עם יותר ידע צבאי ובעל מידע שקשה יותר להחליף אותו, הוא דורג גבוה יותר. כך, ביום פקודה, ישראל הכינה רשימת חיסול של מדעני הגרעין - כשבראשם המסוכנים ביותר.
התקיפה המרשימה בה חוסלו גם מדעני הגרעין, התאפשרה הודות למודיעין מדויק שנאסף באגף המודיעין. כלל המדענים והמומחים שחוסלו היוו מוקדי ידע מרכזיים בפרויקט הגרעין האיראני, והיו בעלי נסיון מצטבר של עשרות שנים בתחומי הפיתוח של נשק גרעיני. הרבה מהם היו ממשיכיו של פח׳רי זאדה, אב פרויקט הגרעין האיראני.
הוא הוסיף ואמר: "בשנה האחרונה החלו לתכנן בנק מטרות ונקודת האור היתה שיש בסיס מודיעיני וחיל אוויר, אבל בנק המטרות לא כלל מספיק מטרות. כל צוות קיבל משימה אחרת: חיסול מדעני גרעין, מפקדות, מכ"מים, וכך מבצע ׳עם כלביא׳ יצא לדרך".