על פי הארגונים הסיבה לחסימות היא מנגנון הרישום החדש שהונהג במרץ, המחייב בין היתר מסירת רשימות עובדים פלסטינים לאבחון ביטחוני. לטענתם, הדרישות אינן חוקיות, מסכנות את בטיחות הצוותים, פוגעות בעצמאות הארגונים ונועדו להגביל פעילות הומניטרית.
בעקבות הטענות ישראל באמצעות המתפ"ש העלתה תגובה חריפה שהדפה את הטענות. בתגובה שהופצה לתקשורת הבינלאומית נאמר: "המציאות הפוכה לחלוטין מהטענות שפורסמו. ישראל פועלת לאפשר ולהקל על הכנסת הסיוע ההומניטרי לרצועת עזה, ואילו ארגון הטרור החמאס מנסה לנצל את הסיוע כדי להתעצם צבאית ולבסס את שליטתו באוכלוסייה. הדבר נעשה לעיתים בחסות חלק מארגוני הסיוע הבינלאומיים, ביודעין או שלא ביודעין.
"כמענה לכך, בהתאם להנחיית הדרג המדיני וטרם חידוש הכנסת הסיוע לרצועת עזה, גובש במערכת הביטחון הישראלית מנגנון חדש להכנסת סיוע שמטרתו לוודא שהסיוע מגיע ישירות לאוכלוסייה ולא לחמאס. במסגרת המנגנון, הארגונים נדרשים לבצע הליך רישום סדור במשרד התפוצות בישראל, אשר כולל בין היתר שיתוף של רשימת עובדי הארגון שפועלים בעזה לצורך אבחון ביטחוני מקדים. הליך הרישום מבוסס על קריטריונים מקצועיים וביטחוניים ברורים, שנועדו לשמור על טוהר המערכת ההומניטרית, תוך מניעת חדירת גורמי טרור למנגנון הסיוע. מדובר בהליך שקוף וברור, שהוצג לכל הארגונים מבעוד מועד.
"הסירוב של חלק מהארגונים הבינלאומיים למסור את המידע ולשתף פעולה בהליך הרישום מעורר חשש ממשי לגבי טוהר כוונותיהם והאפשרות לקשרים של הארגון או עובדיו עם חמאס. מנגד, קרוב ל-20 ארגונים בינלאומיים שכיבדו את החוק וביצעו את תהליך הרישום, מכניסים סיוע לרצועה באופן סדיר ובשיתוף פעולה מלא. כראייה לכך, כ-300 משאיות סיוע הומניטרי נכנסות לרצועת עזה מדי יום דרך ארגונים שנרשמו בהתאם למנגנון החדש.
התרעות פיקוד העורף