בצה״ל התקבלה החלטה כי אם מבצעי התחקיר יגיעו למסקנה שיש חשד להתנהלות בעייתית, החקירה תועבר למח״ש - ולא למצ״ח - מאחר שהלוחמים הם שוטרי מג״ב מימ״ס איו״ש. במח״ש אומרים כי טרם קיבלו הנחיה לפתוח בחקירה. בצה״ל מציינים כי הפעולה בוצעה במסגרת מבצע "חמש אבנים" נגד פעילות גדודי הטרור בצפון השומרון, וכי הכוח פעל תחת חטיבת מנשה. בשל ריבוי סיירות הלחימה והיחידות השונות בשטח, המבצע בוצע תחת חפ״ק הימ״ס ולא תחת פיקוח ישיר של מפקד החטיבה. עם זאת, בצה״ל מדגישים כי מדובר בפעילות צבאית הנמצאת לאחריות צה״ל המלאה.
עוד מציינים בצה״ל כי התנהלות הלוחמים נראית בעייתית ומנוגדת לנורמות המבצעיות המצופות מכוח צבאי - ובפרט מכוח של יחידת עלית בעלת ניסיון רב. יחד עם זאת, אומרים בצה״ל כי אינם בטוחים שהסרטון נערך, אולם מבחינתם סוגיית העריכה אינה רלוונטית לתחקיר. לפי גורמים בצה״ל, הכוח ביצע סיר לחץ על מבנה שבו הסתתרו שני מחבלים בכירים בג'יהאד האיסלאמי, אשר היו מעורבים בהשלכת חומרים כימיים ובאירועי ירי רבים. כדי לגרום להם לצאת, הפעיל צה״ל דחפור D9 לאחר הריסת חלק מהמבנה. המחבלים יצאו כשידיהם מורמות לכניעה.
לפי הסרטון, הלוחמים התקרבו לטווח אפס מול המחבלים, שלא הופשטו כמתחייב מהנוהל. הלוחמים לא זיכו את המחבלים מנשיאת נשק או מטען, ולא אזקו אותם. כמו כן, לא ברור מדוע הותר לשניים לשוב לתוך המבנה. הלוחמים טענו כי המחבלים נכנסו כדי להגיע למחסן נשק, וכי ביצעו תנועה חדה שהלוחמים פירשו כסכנת חיים מיידית.
גורמים בצה״ל מעריכים כי כבר בזמן הקרוב יידרשו חוקרי מח״ש לחקור את האירוע, שמקבל כעת תאוצה בתקשורת הערבית. מנגד, בשל חג ההודיה, ברשתות השידור בארה״ב ובאירופה הסרטון כמעט שלא מקבל סיקור.
המשטרה פתחה כאמור בחקירה לבדיקת נסיבות הקרב שהתחולל הערב (חמישי) בג'נין, במהלכו פעלו כוחות מסתערבים של משמר הגבול לעצור שני מחבלים שביצעו פיגועים נגד כוחות צה״ל. לאחר שהמחבלים נכנעו, נפתחה לעברם אש מצד הכוחות, והשניים חוסלו. בצה״ל ובמשטרה פתחו בחקירה במקביל. בהודעה משותפת נמסר: "מוקדם יותר הערב, במהלך פעילות של כוחות מג״ב וצה״ל בעיר ג׳נין שבמרחב חטיבת מנשה, פעלו הכוחות למעצר מבוקשים שביצעו פעולות טרור ובהן השלכת מטענים וביצוע ירי לעבר כוחות הביטחון. המבוקשים השתייכו להתארגנות הטרור בג׳נין".
עוד נמסר כי הכוחות נכנסו למרחב, סגרו על המבנה שבו שהו החשודים והפעילו נוהל הסגרה שנמשך מספר שעות. עם הפעלת כלי הנדסי על המבנה, יצאו שני המבוקשים - ולאחר יציאתם בוצע ירי לעברם. בישראל אומרים כי הסרטון מג׳נין כבר מופץ בעולם ומעורר תגובות קשות. בצה״ל מציינים כי מדובר בחיתוך בסרטון, אולם התמונות קשות מאוד וקיים קושי להבין את התנהלות ארבעת לוחמי הכוח.
האירוע מצוי כעת בתחקור מפקדים בשטח ויועבר לבחינת הגורמים המוסמכים. גורמים בצה״ל ציינו כי בשל העובדה שחלה חריגה בירי לאחר כניעת המחבלים, הוחלט להעביר את החקירה לטיפול המשטרה. השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר, מסר: "מעניק גיבוי מלא ללוחמי מג״ב ולוחמי צה״ל שירו לעבר מחבלים מבוקשים שיצאו ממבנה בג'נין. הלוחמים פעלו בדיוק כפי שמצופה מהם - מחבלים צריכים למות!"
התרעות פיקוד העורף