על פי גורם צבאי, מיד לאחר תחילת המבצע בתוך שכונת המגורים של החמולה בחברון, צה"ל אפשר לתושבי השכונה לצאת עד שצה"ל ישלים את המבצע. מעל אלף נפש נבדקו ויצאו מהשכונה, ועל פי הערכה, בין 700 ל-800 נפש נותרו במקום. בטרם יצאו אנשי החמולה, הם נבדקו על ידי כוחות צה"ל.
המבצע, שזכה לשם "שאגת יהודה", הוגדר כמבצע חטיבתי, כאשר צה"ל קבע ריכוז מאמץ בשלושה מקומות: הריסת 18 המבנים הלא חוקיים באזור הפיגוע, מבצע נגד חמאס בעיר חברון ופעילות נגד חמולת אל-ג'עבה, שממנה יצאו המחבלים.
במערכת הביטחון טרם קבעו אם מדובר בהתארגנות מקומית או שמדובר בהפעלה מבחוץ על ידי חמאס טורקיה או חמאס ציר השיעי האיראני.
התרעות פיקוד העורף