כניסתו של בני גנץ לתפקיד החייל מספר 1 לא הייתה במסלול המקובל. בנובמבר 2010, בעת שכיהן כסגן הרמטכ״ל, החליט גנץ לפרוש מצה״ל לאחר שהתאכזב מכך שהמינוי לרמטכ״ל ניתן בידיו של האלוף יואב גלנט ולא בידיו.
בינואר 2012 פרצה סערה ציבורית לאחר שארבעה צוערים דתיים בקורס קצינים סירבו לשמוע שירת נשים. הם הודחו וגנץ הורה להמשיך את שירת הנשים בקורס.
לאחר כחודש של לחימה, ולאחר שסוכם בין ישראל וחמאס על הפסקת אש, נשא גנץ את ״נאום הכלניות״ וצה״ל קרא לתושבים לשוב לבתיהם.
לאחר המלחמה פרץ עימות מתוקשר בין גנץ לראש השב״כ, יורם כהן. הצבא טען שלא היו התרעות ממוקדות אודות המערכה הצפויה ובשב״כ טענו שהתריעו. גנץ טוען שמבצע ״צוק איתן״ היה מוצלח ויצר הרתעה משמעותית נגד חמאס, שספג מהלומות קשות.
התרעות פיקוד העורף