בדצמבר 2015 הוקמה חטיבת הקומנדו, וכחצי שנה מאוחר יותר נחשפה מנהרת הטרור הראשונה בעזה. הדבר הוביל להתחלת בניית המכשול בדרום הרצועה. בתחילת חודש דצמבר 2016 הגיע מטוס כ-35 (אדיר) הראשון. עד כה הגיעו לישראל 14 מטוסים, כאשר חיל האוויר היה הראשון לבצע תקיפה מבצעית באמצעות כלי הטיס המתקדם. ב-3 בספטמבר 2017 החל תרגיל הגיס הצפוני, שמטרתו היתה להתכונן למלחמה רב-זירתית שתכלול את חזבאללה, לבנון וסוריה. התרגיל נקרא "אור הדגן" על שם האלוף מאיר דגן והוא היה הגדול ביותר שערך צה"ל מאז 1998. ב-19 ביולי 2016 החלה פעילות מנהלת שכנות טובה, שפעלה עד ספטמבר 2018 ובמסגרתה טופלו חולים רבים.
כקצין, כוכבי נחשב כאיש דעת וספר. התפיסות הצבאיות שלו מורכבות ומתוחכמות, ויש גם המבקרים אותו, שבאיזונים הנדרשים ממפקד השדה התחום התאורטי הצבאי חזק אצלו יותר מאשר התחום המבצעי. מנגד, קצינים אחרים ששירתו תחת פיקודו במהלך השנים טוענים, כי כקצין לוחם הוא יודע לשלב בצורה הטובה ביותר הטובה ביותר את התאוריה הצבאית עם עולם המעשה. קצין בכיר בצבא אמר כי יש הרבה קצינים לוחמים טובים ויש גם הרבה קצינים שהם בעלי יכולת אינטלקטואלית גבוהה ויוצאת דופן בהבנת עולם הצבא והניהול. קל למצוא קצינים שמאופיינים באחד מהקצוות הללו, קשה יותר למצוא קצינים היודעים לשלב בין השניים, דבר שבא לידי ביטוי בקרירה הצבאית של כוכבי.
עם זאת, תקרית משמעותית אחת שאירעה בתקופתו כמפקד אוגדת עזה, איימה על המשך הקריירה שלו - והיא קשורה לחטיפת גלעד שליט. למרות התראה שהייתה מהשב"כ, וההיערכות שהיתה בשטח, ארגוני המחבלים לבצע הצליחו לבצע את פיגוע החטיפה, ולברוח בחזרה לרצועת עזה עם גלעד שליט, לאחר שהרגו שני לוחמים נוספים שהיו בטנק. זו כנראה הייתה אחת מפעולות הקומנדו המוצלחות ביותר שבוצעו על ידי ארגון טרור ברצועת עזה, ומבחינת צה"ל זה היה אירוע מלא בכשלים. אירועים מהסוג הזה עלולים לסכן את המשך הקריירה הצבאית גם של מפקדים בכירים, ואכן לא פעם מפקדי אוגדות סיימו את תפקידם לאחר אירועים דומים.
התרעות פיקוד העורף