נתחיל עם הכשלים שהיו בעדויות המרכזיות:
כשלים נוספים שהתגלו במהלך העדויות האחרות:
כשל משמעותי מאד הוא אי מתן אישורי יועמ"ש לפתיחה בחקירה - מה שפוסל את כל הראיות שהושגו שלא באישור היועמ"ש. אי אפשר להכשיר ראיות אלו בדיעבד. והדברים עלו בעדויות החוקרים חבקין, שרצר וסעדה. הם סיפרו על חקירות שלא כדין, ושרצו לדווח על זה בזמן אמת. זה מחזק מאד את טענת ההגנה מן הצדק.
ואם לשקול את כל הדברים יחדיו:
בתיק 4000, אחרי עדותו של שלמה פילבר, השופטים הודיעו כפי חובתם, שאינם רואים היתכנות לתיק השוחד, והציעו לתביעה לבטל את האישום. הורדת סעיף אישום זה, יכולה הייתה לייעל מאד את ההליך, ולייתר הרבה מאד עדויות. אולם, התביעה התעלמה מהמלצת השופטים ומתעקשת על סעיף זה, דבר שמסרבל ומאריך מאד את ההליך המשפטי.
ניכר שהתביעה במצוקה, ובמיוחד אחרי שביקשה לתקן את כתב האישום, בעקבות עדות פילבר. בקשה זו נדחתה בצדק על ידי בית המשפט, כיוון שהנאשם כבר השיב וחשף את קו ההגנה. כתב אישום לא יכול להשתנות אחרי מענה בלי רשות ביהמ"ש, שלא ניתנה. ההליך הפלילי חייב להיות ישר והוגן, אסור שהרצפה בלוח השחמט תשתנה תוך כדי ההליך, כאשר התביעה לא מצליחה – ותוך כדי שינוי העובדות שבכתב האישום.
בתיק זה יש לתביעה בעיה עם היעדר אישור היועמ"ש, וכתב הכמויות המשוער של הדס קליין שלא הוכח בשום אופן, וכן יש גם את חוות הדעת של וינרוט שמותר לקבל מתנות וחוק המתנות שמאפשר קבלתן בסכום נמוך. תיק זה הוא נקודת החוזקה היחידה של התביעה, וגם היא לא חזקה מספיק.
התרעות פיקוד העורף