אחת מאגדות היסוד של המערכת המשפטית היא שאם בג"ץ דחה עתירה ביטחונית, סימן שלא התערב. אבל זו טעות, כי כוחו של בג"ץ אינו נמדד רק במספר העתירות שהתקבלו, אלא גם באופן שבו עצם האפשרות להתערבות משנה מראש את התנהגותם של הצבא, הפרקליטות והדרג המדיני.
כך היה בעתירות נגד הוראות הפתיחה באש בגבול עזה בשנת 2018. בג"ץ דחה את העתירות וקיבל את עמדת המדינה, שלפיה הכוחות פועלים בהתאם לדין הישראלי ולדיני הלחימה.
אבל בפועל, בית המשפט הכניס את הוראות הפתיחה באש למסגרת של ביקורת שיפוטית וחייב את המדינה להצדיקן במונחי המשפט הבין-לאומי, מה שגרם לכך שהפרקליטות הצבאית הצהירה על הוראות פתיחה באש "מחמירות". ביום שבו קרס הגבול וטנקיסט אומלל ראה שיירות של עזתים צועדים לכיוון ישראל, הוא לא ידע אם מותר לו או אסור לו לירות בהם, כי אנחנו "מוסריים". כי גם כשהעתירה נדחית, הצל שלה נשאר בחמ"ל.
ההשפעה העיקרית מתרחשת עוד לפני הדיון. קצין אינו שואל רק מה דרוש כדי להגן על הגבול, אלא גם מה יאשר הפצ"ר; הפצ"ר חושב מה תוכל מחלקת הבג"צים להגן עליו; ומחלקת הבג"צים מעריכה מה יקבל ההרכב. כך נוצרת שרשרת פיקוד מקבילה, שבקצה שלה יושבים שופטים שאינם נושאים באחריות לביטחון.
כלומר, הציפייה מראש להתערבות בג"ץ והאיום של שרשרת היוריסטוקרטיה בצבא ובמדינה, שהמדיניות "לא תעבור בבג"ץ", עושים את שלהם לא פעם וגורמים לכך שהעתירה מתייתרת, כי המדינה שינתה את מדיניותה בהתאם למבוקש בעתירות.
עם הזמן בג"ץ התחיל לחדור לתחום הפעילות הצבאית המבצעית, ברמה שאין לה תקדים בשום מדינה על פני כדור הארץ. כך, בזמן מבצע חומת מגן, דן בג"ץ בעתירות הנוגעות למצור על כנסיית המולד, לאספקת מזון ותרופות, לפינוי גופות ולהכנסת צוותים רפואיים. בית המשפט הצהיר שאינו מנהל את הלחימה או את המשא ומתן, אך עצם הדיון בזמן אמת והוצאת צווים במהלך הפעילות המבצעית הפכו אותו לשחקן בתוך האירוע.
בפרשת בית סוריק ביטל בג"ץ חלק מתוואי גדר ההפרדה לאחר שקבע כי הפגיעה בתושבים אינה עומדת ביחס ראוי לתועלת הביטחונית. אהרן ברק כתב שהשאלה אם התוואי "מידתי" היא שאלה משפטית שבה המומחיות נתונה לבית המשפט. אבל זו בדיוק הבעיה, כי מונח עמום כמו מידתיות מאפשר לשופטים להכריע כמה ביטחון ראוי להקריב תמורת ערכים אחרים - שזו למעשה הכרעה מדינית-פוליטית בכסות של דוקטרינה משפטית.
כך גם בפסק הדין על הסיכולים הממוקדים. בג"ץ לא אסר את המדיניות, אך קבע תנאים להפעלתה, דרש בחינה פרטנית, מידתיות ובדיקה עצמאית לאחר התקיפות. שוב: העתירה לא התקבלה במובן הפשוט, אך בית המשפט כתב חלק מהוראות ההפעלה, תוך שהוא משמר את כוחו להתערב בכל מקרה ומקרה, כמו חרב דמוקלס שתלויה מעל ראשי החיילים.
על הרקע הזה מובנת ההתנגדות בימין לוועדת חקירה ממלכתית. הוויכוח אינו רק על הטיה אידיאולוגית לשמאל של שופטי בג"ץ, אף שהמילה "מקצועי" הפכה בישראל לא פעם לשם מכובס להגמוניה אחת.
הבעיה עמוקה יותר: נשיא בית המשפט העליון ממנה את חברי הוועדה, בעוד שבג"ץ עצמו היה במשך שנים שותף בעיצוב המסגרת המשפטית של המדיניות הביטחונית. מוסד שהיה מעורב בקביעת הכללים אינו יכול למנות לבדו את מי שיחקרו את תוצאותיהם.
ביטחון המדינה צריך להיקבע בידי הממשלה והצבא. הם מחזיקים במידע, מקבלים את ההחלטות ונושאים באחריות לציבור. שופטים יכולים לבחון חריגה ברורה מסמכות או הפרה מפורשת של חוק. הם אינם צריכים לשבת, בגלוי או בצללים, כחברים בלתי נבחרים בקבינט המלחמה.