מייד לאחר מכן עשה עמית את הצעד העקרוני החשוב ביותר: הוא קיבל את הבקשות לדיון נוסף של משמר הדמוקרטיה ושל פרקליטות המדינה, וקבע דיון בפני כל 11 שופטי העליון בשתי שאלות הנוגעות ללב הלכת בוארון: סמכות השר לפי סעיף 23א(ד), והיקפו של ניגוד עניינים גורף או מערכתי. הלכת בוארון עדיין חיה פורמלית, אבל עמית פתח את הדלת לבחינה מחדש של יסודותיה.
עמית וכבוב סירבו להתערב בחוות דעתה של קוטיק. ואילו מינץ הצביע בדיוק על הבעיה: כיצד ניתן להסתמך על תוצאות החקירה כדי להסיר את המניעות כאשר אותו גורם חיצוני שהלכת בוארון ביקשה להעמיד מעל החקירה מעולם לא מונה? מינץ כתב למעשה כי כל עוד לא מומש פסק דין בוארון באמצעות פיקוח חיצוני, אי אפשר לומר שהתשתית העובדתית "התעדכנה" באופן המאפשר להסיר את המניעות. אחרת, כתב, פסק דין בוארון "ירוקן מכל תוכן".
וכך פעל עמית לקבורת הלכת בוארון בשתי דרכים. במקרה הקונקרטי הוא מאפשר להשיב את התיק לפרקליטות בלי שהפיקוח החיצוני שקבע פסק הדין המקורי התקיים מעולם. ובמישור העקרוני הוא פתח בדיון נוסף את עצם ההכרה בסמכות השר ובניגוד עניינים מוסדי, ובכך יצר אפשרות לצמצם או להפוך את התקדים גם לעתיד.
וצריך לשים לב למערכת היחסים המוסדית שבין עמית לבהרב-מיארה. גורמי החקירה קבעו בעבר שאין בסיס לפתיחת חקירה פלילית נגד עמית, ובהמשך קבעה בהרב-מיארה כי הקובלנה המשמעתית שביקש לוין לקדם נגדו חסרת בסיס עובדתי ותוקף משפטי. מנגד, עמית עומד בראש בית המשפט שמכריע שוב ושוב בסוגיות הנוגעות למעמדה ולכוחה. אין בכך כשלעצמו הוכחה לעסקה כלשהי. אבל הצטברות הדברים יוצרת בעיית אמון מוסדית קשה.
יצחק עמית מתגלה כנשיא האגרסיבי ביותר במאבק לשימור מבנה הכוח הישן. בעיניי, הוא משחית מוסדית את העליון: משתמש בכלים דיוניים ובפרשנות משפטית באופן שמגן שוב ושוב על מערכת כוח הסבורה שעצמאותה קודמת לאחריותה.
הלכת בוארון נולדה מתוך עיקרון פשוט: גם לשומרי הסף צריך להיות שומר סף. קבורתה, אם תושלם בדיון הנוסף, תאמר את ההפך: שבישראל יש מוסדות שמותר להם לפקח על כולם, אבל אסור באמת לפקח עליהם.
התרעות פיקוד העורף