בצל המחלוקת העמוקה בין ישראל למצרים על פעולה אפשרית בציר פילדלפי וברפיח, לשכת ראש הממשלה פנתה דרך המטה לביטחון לאומי לתיאום שיחה של נתניהו עם נשיא מצרים א-סיסי - אך המצרים לא נענו, כך דווח הערב (רביעי) בחדשות 13.
א-סיסי נגד ישראל: "זאת הסיבה שהיא מעכבת את כניסת הסיוע לעזה"
חשש מנהירת פלסטינים: האתגרים שעומדים בפני יחסי ישראל-מצרים
השיחה האחרונה בין השניים התרחשה בחודש יוני, שלושה ימים לאחר הפיגוע בגבול מצרים. שני המנהיגים הביעו אז את מחויבותם להמשך חיזוק השלום ושיתוף הפעולה הביטחוני, שהוא ערך חיוני לשתי המדינות.
כאמור, בין ירושלים לקהיר מחלוקת משמעותית על דרך הפעולה הישראלית המסתמנת בציר פילדלפי החוצץ בין מצרים לעזה. דיאא' רשוואן, מנהל לשכת ההסברה הממשלתית במצרים, אמר כי כל מהלך ישראלי לכיבוש ציר פילדלפי בגבול בין מצרים לעזה יוביל לאיום חמור ורציני על היחסים בין ישראל למצרים.
בכיר מצרי ששוחח עם העיתון "אל-ערבי אל-ג'דיד "הפרו קטארי, אמר כי "ראש הממשלה נתניהו כבר לא מהווה איום על היחסים בין מצרים לישראל, אך הוא כן מהווה סכנה לאזור כולו". לדבריו "ראש הממשלה נתניהו פועל נואשות כדי לשמור על עתידו הפוליטי, או ליתר דיוק - הרחקתו מהגיליוטינה".
המלחמה בעזה מעמידה את יחסי ישראל-מצרים בפני אתגרים לא פשוטים. הראשון שבהם הוא החשש המצרי מפני נהירת פלסטינים מעזה לסיני דרך הגבול המצרי. השני הוא שאלת הסיוע ההומניטרי העובר ממצרים לעזה דרך מעברי רפיח וכרם שלום. והשלישי כאמור הוא שאלת השליטה בציר פילדלפי – כביש באורך כ-14 ק"מ המהווה גבול בין מצרים לעזה.