הנציב הכללי של סוכנות אונר"א פיליפ לזאריני טען בתגובה לחשיפת תשתיות חמאס במטה המרכזי של הסוכנות בעזה כי הם "לא ידעו מה נמצא מתחת בעזה".
חמאס הסתיר את "ליבת הסוד של הארגון" מתחת למטה אונר"א בעזה
למרות כל העדויות: באו"ם לא מוכנים לוותר על אונר"א
לדבריו, "אונר"א מודעת לדיווחים דרך התקשורת על מנהרה מתחת למטה אונר"א בעזה. צוות אונר"א עזב את המפקדה שלה בעיר עזה ב-12 באוקטובר בעקבות פקודות הפינוי הישראליות וככל שההפצצות באזור התגברו. לא השתמשנו במתחם הזה מאז שעזבנו אותו וגם לא ידוע לנו על פעילות כלשהי שאולי התרחשה בו".
עם זאת, גלעד ארדן, שגריר ישראל באו"ם, פרסם ברשת X (טוויטר) ביקורת חריפה כנגד הנציב וטען: "זה לא שלא ידעת, זה שלא רצית לדעת. חשפנו מנהרות טרור מתחת לבתי ספר של אונר"א וסיפקנו ראיות לכך שהחמאס מנצל את אונר"א. הפצרנו בכם לבצע חיפוש מקיף בכל מתקני אונר"א בעזה. אבל לא רק שסירבת, בחרת לתקוע את הראש בחול. קח אחריות ותתפטר היום! כל יום אנו מוצאים הוכחות נוספות לכך שבעזה האו"ם=חמאס ולהיפך. אי אפשר לסמוך על כל מה שהאו"ם אומר או טוען לגבי עזה".
כמו כן, החשבון הרשמי של מתאם פעולות הממשלה בשטחים ברשת X פרסם בתגובה חריגה התייחסות לטענות והביך פעם נוספת את הסוכנות. "ידעת. חפירת מנהרה אורכת יותר מארבע חודשים. הזמנו בכירים באו"ם לראות, ובפגישות קודמות איתך ועם גורמים אחרים, התרענו על השימוש של חמאס במטה של אונר"א. בחרת להתעלם מהעובדות כדי שתוכל מאוחר יותר לנסות ולהכחיש אותן".
גם דובר מערך ההסברה הלאומי לתקשורת הזרה, אילון לוי, התייחס לטענות וכתב כי "הם ידעו, ולא גילו זאת מהתקשורת. הרשויות הישראליות הזמינו אותם לסיור בחוות השרתים של חמאס תחת מטה אונר"א בעיר עזה. לזאריני התעלם מההזמנה".
כאמור, בהכוונה מודיעינית של שב״כ הגיעו לוחמי צה"ל אל פיר מנהרה סמוך לבית ספר של הארגון. הפיר הוביל לתוואי תת-קרקעי ששימש כנכס משמעותי של המודיעין הצבאי של חמאס ועבר מתחת למבנה המשמש כמטה המרכזי של אונר"א ברצועה. הלוחמים איתרו תשתית חשמל בתוך המנהרה המחוברת למבנה המטה המרכזי של אונר״א, דבר המעיד על תספוק חשמל לתוואי המנהור באמצעות נכסי אונר״א. בתוך משרדי המבנה אותרו אמצעי לחימה רבים, וביניהם רובים, תחמושת, רימונים ומטענים.
התוואי נבנה בעומק של 18 מטרים ובאורך של 700 מטרים והכיל מספר דלתות הדף. בפשיטה אותרו אמצעים מודיעיניים ממגוון רחב של סוגים. בעקבות ממצאים אלו ועל בסיס מודיעין מקדים של שב״כ, פשטו הלוחמים על המטה המרכזי של ארגון אונר״א, המכיל את משרדיהם של מספר ארגונים הומניטריים ובין לאומיים.