כשבוע לאחר שפורסמה הקלטה בה הוא אומר בשיעור לתלמידיו כי "אם יגייסו חרדים - ניסע לחו"ל", הרב הראשי יצחק יוסף הגיב היום (שישי) לראשונה לסערה שעורר. בריאיון ל"כאן מורשת" טען כי "מסיבות שונות היו אנשים שבכוונה סילפו את הדברים ופרסמו כאילו פגענו חלילה במשפחות השכולות, ובחיילים המוסרים את הנפש לשמירה על תושבי הארץ הזאת". עם זאת, הרב לא ראה לנכון להבהיר באיזה אופן סולפו דבריו, או מה הייתה כוונתו המקורית.
בן כספית במתקפה חסרת תקדים: "הרב יצחק יוסף הוא קטון הדור ושרברב"
על הרב יצחק יוסף, על אלישע לוינשטרן ז"ל, ועל בית דין של מעלה | קלמן ליבסקינד
עוד הוסיף: "כל דברינו במוצאי שבת היה אך ורק בשבח התורה שחייבים להמשיך ולחזק את לימוד התורה. אבל בוודאי שחובה להתפלל יום יום על החיילים שמוסרים את הנפש עבור תושבי הארץ בזאת, שיחזרו לביתם לחיים טובים ולשלום, ואנחנו מקפידים לומר תפלה לשלום החיילים מאז פרוץ המלחמה יום יום, וגם בשיעור השבועי הקבוע במוצאי שבת כל שבוע אנחנו עושים להם מי שבירך, ולכן חבל מאד שיש כמה אנשים שעשו שימוש פוליטי בדברים וסילפו את דברינו בצורה מעוותת".
בהקלטת השיעור שפורסמה במוצאי שבת האחרונה, נשמע הרב אומר: "שבט לוי פטור מהצבא, לא לוקחים אותם בשום פנים ואופן, יהיה מה שיהיה. אם יכריחו ללכת לצבא - נסע כולנו לחוץ לארץ, נקנה כרטיסים. אין דבר כזה. החיילים מצליחים בזכות בני התורה".
הרב יוסף שעדיין מכהן בתפקיד ממלכתי מטעם המדינה שאוסר את התערבותו בעניינים פוליטיים, אמר את הדברים בשיעורו אחרי שבתקופה האחרונה אף התערב בניגוד לחוק בבחירות לרשויות המקומיות, ותמך בפומבי בחלק מהמועמדים.
ב-2013 השמיע אביו, הרב עובדיה יוסף, עמדה דומה לאחר שאמר גם כי אם תתקבל החלטה על גיוס בחורי הישיבות, יגיבו החרדים בירידה מהארץ. "נצטרך חס ושלום לעזוב את ארץ ישראל, לנסוע לחוץ לארץ", אמר.