מלשכת הרב נמסר כי "ככל שיש ממש בפרסום על הכוונה להעניק לראשון לציון שליט״א את ׳פרס ישראל׳ בגין מפעלו התורני ועל אף שמדובר בהחלטה המבטאת 50 שנות יצירה הלכתית, הרי שלא זו העת ולא זו השעה. אילו היה ידוע לו על הגשתו כמועמד לקבלת ׳פרס ישראל׳ היה פועל למנוע זאת. אין זו שנה מתאימה לטקסים וחגיגות. ההוקרה היחידה של מדינה לאזרחיה, היא שמירה על ביטחונם והוקרת החיילים המחרפים את נפשם בשדה הקרב למענה".
עם זאת, בג"ץ הוציא צו על התנאי המורה לשר החינוך לנמק מדוע בוטלה חלוקת הפרס השנה. "לנוכח סד הזמנים הדוחק ועמדת המדינה, החלטנו להורות על מתן צו על תנאי כמבוקש בעתירות", נימקו השופטים.
למעשה, זו הפעם הראשונה מאז קום המדינה שפרסי ישראל מבוטלים בגלל אירוע חיצוני (או פנימי) כלשהו. החלטתו של השר קיש התקבלה בזעם רב בקהילת המדענים, החוקרים והאומנים בישראל, שביקשו ממנו לשקול אותה שוב.
התרעות פיקוד העורף