השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר סירב להתייחס לאירועים אותם ביקשה אונר"א לחקור, אך כהרגלו העניק גיבוי נטול תנאים לכוחות הביטחון: "אונר״א הוא ארגון שחלק מעובדיו השתתפו באירועי השבעה באוקטובר. וכפי שנחשף, הארגון אף מסייע לחמאס. בנסיבות אלו, אין בכוונתנו להתייחס לתלונות הארגון.
"ככל שמבוצעים מעשי טרור משטחי מתקני אונר״א, ברור שלא יהיה לפורעים כל חסינות וכי יש לשבח את השוטרים והלוחמים על פעולתם, נגד מעשי טרור".
אונר"א, כזכור, נקלעה למשבר חמור לאחר שכתריסר מעובדיה (מתוך 11 אלף עובדים ברצועת עזה) נתפסו כמשתתפים בטבח שבעה באוקטובר, ולטענת ישראל ישנן עדויות למעורבות אחוזים גבוהים מעובדי הארגון בפעילות טרור.
מדינות רבות בעולם השהו באופן זמני את תמיכתן הכלכלית בארגון, בהן המממנת הגדולה ארצות הברית. בתקציב האחרון של ארצות הברית נעדר מימון הסוכנות גם לשנה הבאה, אך קנדה לדוגמה החזירה כבר את תמיכתה.