אמירה שנויה במחלוקת: הרב הראשי יצחק יוסף, שאמור להיות מנוע מלהתבטא פוליטית, אמר הערב (שבת) בשיעור לתלמידיו: "13 אלף טילים זרקו על המדינה שלנו, ברוך השם איזה ניסים ונפלאות היה לנו, בזכות מה זה? בזכות הרמטכ"ל? בזכות מי? בזכות בני התורה בני הישיבות, שיושבים ועוסקים בתורה. כל מה שניצלנו במלחמה הזאת שאויבינו קמו עלינו הצפון והדרום, כל הערבים החאמסניקים וניצלנו מהם, בזכות מה זה? רק בזכות בני הישיבות ואברכים. הם מגנים על כל החיילים ועל כל עם ישראל".
עוד התבטא בדבריו נגד אנשי ישיבות ההסדר שהתנגדו לדבריו הקודמים: "כמה אנשי ישיבות הסדר שתקפו אותנו בתקשורת בלי בושה בתקשורת החילונית בערוצים מסוימים - איזו חוצפה ודברים. שלחו לי מכתבים. שאני אחזור, אמרתי להם שלא אחזור. ניצלנו רק בזכות בני הישיבות והאברכים הם מגנים על כל עם ישראל".
נזכיר, כי זו אינה הסערה הראשונה שהרב הראשי לישראל עומד מאחוריה. בתגובה למשבר חוק הגיוס, אמר כי "אם יכריחו חרדים להתגייס - נעזוב לחו"ל". הוא אמר כי "שבט לוי פטור מהצבא, לא לוקחים אותם בשום פנים ואופן, יהיה מה שיהיה", נשמע הרב בהקלטת השיעור. "אם יכריחו ללכת לצבא - נסע כולנו לחוץ לארץ, נקנה כרטיסים. אין דבר כזה. החיילים מצליחים בזכות בני התורה!".
בחודש אוקטובר, לפני המלחמה, עוד התבטא ואמר כי ״אני רואה כל מה שקורה בציבור החילוני. הם מסכנים. אין להם סיפוק בחיים. הכל למען תאוות העולם הזה", קרא הרב. "אדם שאוכל לא כשר המוח שלו נהיה מטומטם. ארגונים שמחזירים אותם בתשובה - זה מה שצריך לעשות. הם מקנאים בנו".