הוועדה הודיעה כי בשלב זה "עולה כי בנושאים הנחקרים על ידי הוועדה חל שיבוש עמוק בתהליכי עבודה ובמנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. זאת, תוך יצירת סיכון לביטחון המדינה ופגיעה ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל".
שר הביטחון לשעבר, בוגי יעלון, הוזהר כי הוועדה עלולה להגיע למסקנה כי הוא פעל בניגוד להחלטות ממשלה בנוגע לרכישת ספינות המגן. וכן, בין היתר, כי הצהיר בפני בג"ץ כי החזקת צוללת שישית מהווה פגיעה בביטחון המדינה, וכי ההחלטה לרכשה התקבלה ללא צורך. כאשר בזמן שהיה בממשלה, יעלון דווקא תמך ברכש הצוללת.
ראש המוסד לשעבר, יוסי כהן, הוזהר מפני שהוועדה עלולה להגיע למסקנה כי התנהלותו בתור ראש המל"ל במסגרת פרשת הצוללות הובילה לשיבוש עמוק בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך, לעמדת הוועדה, כהן סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל.
בנוסף לכך קיבלו אזהרות מפקד חיל הים לשעבר, רם רוטנברג, ובכיר לשעבר במל"ל, אבנר שמחוני.
סביר להניח שהמוזהרים לא ישלימו עם האזהרות. למשל, לגבי נתניהו, הוועדה סבורה כעת כי התנהלותו "הובילה לשיבוש עמוק ושיטתי בתהליכי עבודה ובניין הכוח ולפגיעה במנגנוני קבלת החלטות בשורה של סוגיות רגישות. בכך סיכן את ביטחון המדינה ופגע ביחסי החוץ ובאינטרסים כלכליים של מדינת ישראל". אלו תיאורים שסביר שנתניהו לא יקבל על עצמו.
כעת, הוועדה ממתינה להחלטת המוזהרים. אלה ככל הנראה יחליטו לנסות ולהגן על עצמם. לאחר שמיעת עדותם, הוועדה תתקדם לקראת דו"ח מסכם בה יוצגו מסקנותיה הסופיות.
יש לציין כי מסקנות הוועדה שיפורסמו בדו"ח, הן בעיקר בעלות השלכות ציבוריות. ייתכן ותהיה פתיחה בחקירה פלילית במידה והדו"ח יגיע למסקנות כי אחד המוזהרים עבר עבידה פלילית, אך יש לזכור כי החוק קובע במפורש: "דין וחשבון של ועדת חקירה לא ישמש ראיה בכל הליך משפטי", בין אם פלילי או אזרחי.
התרעות פיקוד העורף