המלצות המשטרה בתיק 3,000 מעוררות תגובות סוערות במערכת הפוליטית: יו"ר המחנה הציוני, אבי גבאי, קרא הבוקר (חמישי) לראש הממשלה בנימין נתניהו להתפטר בעקבות סיום החקירה. "גניבת כסף ממערכת הביטחון היא בגידה בחיילי צה"ל. בכסף הזה יכולנו לרכוש נגמ"שים במקום הנגמ"שים המיושנים שאיתם נכנסו החיילים שלנו לעזה לפני 4 שנים", אמר גבאי. "אם ראש הממשלה ידע על מעורבות מקורביו הוא צריך להתפטר. ואם הוא לא ידע - עליו להתפטר כי הוא לא כשיר לנהל את מערכת הביטחון שלנו". 


יו"ר הועדה לביקורת המדינה, ח"כ שלי יחימוביץ, אמרה: "המלצות המשטרה להעמיד לדין את אנשי הטבעת הקרובה והאינטימית ביותר של נתניהו מותירות שתי אפשרויות: שהיה שותף לכל, או לחילופין שהוא עיוור תמים ושלומיאל, המקיף עצמו בסביבה מושחתת המנצלת אותו, וסוחרת בנכסי המדינה ופוגעת אנושות בבטחונה כדי לשלשל ממון רב לכיסה  הפרטי. בכל מקרה, זה ההיפוך המוחלט והנורא ביותר לציונות ולפטריוטיזם. השחיתות העמוקה והבוז למדינה, למוסדותיה, לאזרחיה ולסמליה - יוצרים ריקבון עמוק שיש להפסיק בדחיפות את התפשטותו״. 

גם בליכוד הגיבו להודעת המשטרה ואמרו כי "הניסיונות של השמאל להדביק את פרשת הצוללות לראש הממשלה נתניהו - התרסקו אל קרקע המציאות. אנו משתתפים בצערם של לפיד וגבאי שגם הפעם נגוזה תקוותם הנואשת להחליף את ראש הממשלה נתניהו באמצעות האשמות סרק". במחנה הציוני הגיבו להודעת הליכוד ואמרו כי הם "משתתפים בצער מצביעי הליכוד, שמפלגתם עברה השתלטות עוינת על ידי משפחת הפשע נתניהו-שמרון, השקועה עד צוואר בשוחד. אחרי המלצות המשטרה היום - ברור שהגיע הזמן שנתניהו יתפטר".

ח״כ קסניה סבטלובה (המחנה הציוני) הגיבה לפרסומים בנושא תיק 3,000: ״הטבעת מתהדקת סביב מי שהיו שומרי הסף, הממונים על שלומנו וביטחוננו והקרובים לצלחת. מי שחשבנו כי שלום הציבור הישראלי הוא בראש סדר העדיפויות שלהם,  ניצלו זאת לטובת עצמם בלי לבחול בכלום. מעילה באמון הציבור כבר לא מטרידה אף אחד. זה מגיע מהראש ומחלחל לכל שורות המקורבים שאיבדו כל רספקט לנראות ציבורית וניקיון כפיים. הכל כשר באווירת שלטון של 'מגיע לי' ואין גבול לתיאבון החזירי. גם מכירת הביטחון הצבאי האמור להגן על תושבי המדינה - לטובת התעשרות פרטית".

סבטלובה הוסיפה: "נתניהו טוען ש״הוא לא ידע". מדובר במר ביטחון שדברים מסוג זה לא יכולים להתרחש מתחת לאפו באין מפריע. אלו הם אנשי אמונו אשר סבבו אותו והיו מחוברים למעגל הקרוב שלו. אם לא ראה דברים חמורים כמו הנפרש לפנינו, כיצד אפשר לסמוך עליו שהוא רואה מה נעשה סביבו? האם בקלות רבה כל כך ניתן להסתיר ממנו סוגיות כה חשובות לגורלנו ולהוליכו שולל? האם מי שלא רואה את מה שקורה מתחת לאפו באמת יודע לנהל מציאות כה מורכבת המצריכה ראיה מקיפה ואיתור סיכונים? הציבור חייב להתנער מאדישותו ולתבוע ניקיון אורוות ואנשי אמון הגונים שיקבלו את הזכות לנהל את המדינה".
 

ח"כ יאיר לפיד , יו"ר יש עתיד, אמר כי המלצות המשטרה בפרשה 3,000 לא מאפשרות לראש המשלה בנימין נתניהו להישאר בתפקידו. "המלצת המשטרה להעמיד לדין בעוון שוחד בפרשת הצוללות את מפקד חיל הים, סגן ראש המל"ל, ראש הסגל של ראש הממשלה והעו"ד האישי והאדם הכי קרוב לראש הממשלה, לא מאפשרות לבנימין נתניהו להמשיך ולכהן עוד בתפקידו. במשמרת שלו, אנשי אמונו והקרובים לו ביותר חשודים כי סחרו בקודש הקודשים של מדינת ישראל", אמר לפיד. 
 
ח"כ עופר שלח (יש עתיד) אמר בתגובה: "לא צריך הליך משפטי כדי לדעת את מה שברור לכל אזרח בישראל: האנשים המקורבים ביותר לראש הממשלה נגעו בכסף בסכומים גדולים בעסקה הביטחונית הרגישה ביותר בישראל, בעודם משרתים את ראש הממשלה - הן בענייניו הפוליטיים והאישיים והן בעניינים מדיניים. אם נתניהו לא ידע על כל זה חמור מאוד, אם ידע זה חמור עוד יותר".
 

מנגד, ח"כ מיקי זוהר (ליכוד) כתב בעקבות המלצת המשטרה בחקירת פרשת הצוללות: "הוכח שוב שראש הממשלה שלנו זך כשלג, הנסיונות הרבים להדביק בו משהו שמא ייתפס כושלים בזה אחר זה. אין לי ספק שבע"ה המדינה שלנו תמשיך לשגשג לעוד שנים רבות תחת הנהגתו של בנימין נתניהו למורת רוחם של חברינו בשמאל".