בכיר נוסף שהחליט לפרוש ממשרד המבקר הוא אלי מרזל המשמש כמנכ"ל המוסד. מרזל זכה בתפקידו להערכה רבה וזכה למוניטין בתור איש מקצוע נטול פניות. גם לתפקיד זה העדיף המבקר החדש למנות בעל תפקיד המקורב אליו. מרזל יוחלף בתפקידו על ידי אל"ם (במיל') ישי וקנין, ששימש בתפקידו האחרון כמפקד יחידת הביקורת הפנימית וכסגן מבקר צה"ל.