הנשיא הצרפתי הגיע לכנסיית הקבר כשהוא מאובטח על ידי אנשי שב"כ וקציני משטרה בהתאם להנחיות סידורי האבטחי שנקבעו בעוד מועד, וכשצעד התלוו אליו אנשי שב"כ וקצין משטרה. בשלב מסוים פנה מקרון עצמו אל כוחות הביטחון כשהוא צועק: "משטרה החוצה. כולם מכיר את הנהלים. אני לא אוהב את מה שאתם עושים, צאו החוצה. אף אחד לא התכוון לעשות פרובוקציה לאף אחד".
בהמשך פנה למאבטח הראשי מטעם היחידה לאבטחת אישים בשב"כ, הודה לו על עבודתו, אך ביקש מכולם לצאת. "עשיתם עבודה נפלאה בעיר. בבקשה, תכבדו את הנהלים שנהוגים במשך מאות שנים. בבקשה", אמר. קצין המשטרה ואנשי השב"כ נותרו במקומם, ונשיא צרפת נכנס לכנסיה וכשיצא ביקש להתנצל בפני אנשי הביטחון, לחץ את ידם והפמליה המשיכה הלאה.
מהמשטרה והשב"כ נמסר: "היום בשעות הצהריים שירות הביטחון הכללי ומשטרת ישראל איבטחו את נשיא צרפת עמנואל מקרון בעת ביקורו בעיר העתיקה בירושלים. בעת הגעתם לכנסיית סנט אנה שבעיר העתיקה, התנהל שיח בין גורמי האבטחה לבין המאבטחים הצרפתיים בדבר הכניסה לתוך הכנסייה יחד עם הנשיא. נשיא צרפת ביקש מהכוח לכבד את הכללים הנהוגים במקום, ובהתאם לתיאום שבוצע מראש לצורך סידורי האבטחה, ליוו את נשיא צרפת ואנשיו בתוך הכנסייה שוטר ואיש שירות הביטחון הכללי".
עוד נמסר כי "עם צאתו, יישרו את ההדורים וצוותו של הנשיא התנצל על האירוע, הנשיא לחץ את ידם של הכוחות והמשיך בביקורו בעיר העתיקה בליווי הכוחות והאמצעים הדרושים לצורך שמירה על ביטחונו כאישיות רמת דרג המבקרת בישראל".
תקרית דומה אירעה בשנת 1996 עם נשיא צרפת ז'אק שיראק, שהתעמת עם אנשי הביטחון הישראלים שהגנו עליו מפני אזרחי מזרח ירושלים שניסו ללחוץ את ידו.
ראש הממשלה נתניהו קרא היום לנשיא מקרון להצטרף ללחץ ולסנקציות נגד איראן, בעקבות צעדיה בתחום הגרעין ופעולותיה התוקפניות באזור ושוחח עמו על המצב בלבנון ועל פרויקט ייצור הטילים המדויקים של חיזבאללה. בנוסף, רה"מ נתניהו דן עם הנשיא מקרון בהתרחשויות בלוב לאור המעורבות הטורקית במדינה.
ראש הממשלה נתניהו אמר כי "סיימתי פגישת עבודה נעימה, חמה ומאוד פרודוקטיבית, במסגרת ארוחת בוקר, עם ידידי נשיא צרפת עמנואל מקרון. הפגישה הזאת הקיפה הרבה מאוד נושאים - איראן, עיראק, סוריה, לבנון, טורקיה, לוב ועוד כמה נושאים. אנחנו סיכמנו לכונן דיאלוג אסטרטגי בין ישראל לצרפת, כדי לאפשר לנו להמשיך לשתף פעולה אל מול האינטרסים המשותפים. זה שינוי חשוב מאוד במדיניות החוץ של ישראל, זה יכול לסייע לנו למען דברים שהם חשובים מאוד לביטחון המדינה".
"שיבחתי את עמנואל מקרון על עמידתו האיתנה נגד האנטישמיות שבאה לידי ביטוי, למשל, גם בביקורו כאן בירושלים. קראתי לו גם לטפל בעניינו של הרוצח של שרה חלימי, וגם לפעול להסגרתו של רוצח שרצח יהודים בצרפת, שנמצא כעת ברמאללה וצריך להסגיר אותו לצרפת. הוא הבטיח לבדוק את שני הדברים הללו".
לאחר מכן נפגש מקרון עם נשיא המדינה, ראובן ריבלין. בתום הפגישה אמר הנשיא הצרפתי כי "אנו חייבים להזהיר כל העת לאן הובילה האנטישמיות במאה הקודמת- אל השואה, אל האסון הגדול מכל, לכן לחינוך חשיבות מרכזית. לכן באתי לכאן עם שר החינוך ומשלחת של ילדים. כי נושא החינוך והדברים שצריכים להאמר ולהשמע הם חשובים ביותר".
מקרון התייחס גם למצב במזרח התיכון ואמר: "דיברנו גם על תהליך השלום. אמרתי שצרפת לא מתכוונת לבוא לכאן לנסות ולכפות פתרון או להשיא עצות. שמענו שיש אחרים שמתכננים להציע פתרונות. תהליך השלום אפשרי רק אם שני הצדדים רוצים בכך. אם הדבר יהיה כך צרפת תהיה שם כדי ללוות".
מקרון סיים ואמר ש"בסופו של דבר דברנו ארוכות דברתי עם עם ראש ממשלת ישראל בנושאים אזוריים. עמדת צרפת חד משמעית - לא לגרעין של איראן. האמירה של צרפת חד משמעית. לאיראן לא יהיה נשק גרעיני. בקשנו גם להאבק נגד הניסויים הבליסטיים של איראן והפעילות לערעור היציבות באזור. צרפת חד משמעית בנושא הזה. אנו לא נאפשר לאיראן להיות גרעינית. אנו צריכים לעשות הכל למנוע הסלמה וערעור היציבות באזור".
במשכן הנשיא בירושלים ייפתחו הערב האירועים הרשמיים לרגל כינוס פורום השואה העולמי החמישי, שייערך תחת הכותרת "זוכרים את השואה, נלחמים באנטישמיות". הפורום ייערך מחר, יום חמישי, במוסד יד ושם בהשתתפות כ־49 נשיאים, מלכים, ראשי ממשלות וראשי פרלמנטים מרחבי העולם. האירועים מתקיימים לציון 75 שנה לשחרור מחנה ההשמדה אושוויץ.
הנשיא ראובן ריבלין יערוך הערב קבלת הפנים וארוחת ערב ממלכתית למנהיגים ולראשי המשלחות מרחבי העולם, שיגיעו בהזמנתו, ובהם יורש העצר הבריטי הנסיך צ'רלס, נשיא גרמניה, נשיא צרפת, מלך ספרד, מלך בלגיה, נשיא איטליה, מושל אוסטרליה ורבים נוספים.