שטח הפרוייקט אמור היה להשתרע על 15,670 מ"ר ועלות התכנון האדריכלי עמדה על כ-6.5 מיליוני שקלים, אבל במרוצת השנים נוספות עלויות נוספות. ב-2018 העלות המוערכת על פי דרישות השב"כ של מיגון מעונו הרשמי של ראש הממשלה, הגיעה לכ-50 מיליוני שקלים, באופן זמני עד לגמר הפרוייקט.
עוד עולה מהדו"ח, כי כחמש שנים לאחר התכנון הראשוני, במאי 2014 הוחלט להתחיל מחדש את תכנון הפרוייקט ובאוקטובר 2018 הופסק קידומו. "סגן ראש המל"ל וראש מנהל חטיבת הנכסים באגף החשב הכללי לא וידאו כי נמסר לאדריכלים כל המידע העדכני הדרוש להם לתכנון הפרוייקט ולבחון חלופות למיקומו", קובע מבקר המדינה. "מקבלי ההחלטות מצויים בפרשת דרכים בכל הנוגע לעצם הקמתו, מיקומו ואופן ניהולו".
זאב צוק רם, שהיה האחראי על פרויקט משרד ראש הממשלה, סיפר בוועדה על הרקע לתקרית, ואמר כי "יש הסתמכות על איש הדיור הממשלתי, הוא נמצא בדיונים והוא האיש קשר שלנו עם מהנדס העיר ירושלים. הם לא אמרו לנו מילה על זה שיוקם תוואי רכבת קלה על יד המעון וגם מגדלים גבוהים בסמיכות. כל פעם שהסתכלתי במראה אחרי שהבעיה הזו נודעה, אמרתי שזו תקלה שלי ואי אפשר להימלט מזה".
מהנדס העיר ירושלים, יואל אבן, התייחס למצב גם הוא וטען כי "במאי 2005 מופיע כבר בדוח ההכנה שיוקם תוואי רכבות, והתכנית החדשה לבניית מגדלים וכן הלאה. לכן זה מוזר להגיד שהם לא ידעו ופתאום זה התגלה. אנחנו לא יוזמים שאלות מקצועיות וביטחוניות ופרויקט אלמוג אף לא חשוף אלינו משיקולים ביטחוניים ולכן על מי שהיה ליזום התנגדויות כמו בכל מקום זה על השכנים שסובבים את הפרויקט".
התרעות פיקוד העורף