התנועה מקדמת בבסיס רעיונה היפרדות מהפלסטינים, מתוך הבנה שרעיון "שתי מדינות לשני עמים" יתרום לביטחונה של ישראל ויבטיח את צביונה של המדינה לדורות הבאים. "אנחנו לא נכנסים לתוך הפוליטיקה ולא מתעסקים בפוליטיקה", אומר וילנאי, "אני וחבריי לא מתכוונים להיבחר לשום תפקיד, והמטרה שלנו היא לא לשכנע אנשים להצביע למפלגה כזו או אחרת, אלא להסביר את הרעיון בבסיסו ואת חשיבותו הרבה לביטחונה של ישראל ממקום נטול אינטרסים. הרי במדינה דו־לאומית יהיה רוב ערבי. לזה אבותינו התכוונו כשהגיעו לארץ? זה מה שאנחנו צריכים, עוד מיליוני אנשים?".
וילנאי מצר על השיח הפוליטי שמונע מבכירי המערכת לראות את הדברים נכוחה, אף שהם מבינים את ההשלכות הקשות - לדבריו - על ביטחון ישראל. "יוצא לי להיפגש כמעט עם כל חברי המפלגות, ואני מופתע בכל פעם מחדש לראות עד כמה אנשים מבינים אותנו ומסכימים איתנו - משמאל, ויש גם מימין, שמודים שייתכן שאין פתרון אחר. אלא שאת לא שומעת אף פעם מהצד הימני של המפה פתרונות מעשיים מלבד 'יהיה בסדר'".
לתפקיד יו"ר ארגון "מפקדים למען ביטחון ישראל" הגיע וילנאי אחרי שכיהן כשגריר ישראל בסין והיה מנותק זמן מה מהפוליטיקה המקומית. "בתקופת כהונתי כשגריר זכיתי לראות מהצד את מה שלקחתי תמיד כמובן מאליו על ישראל", הוא אומר. "ישראל היא מדינה חזקה, וראיתי את זה בבירור דרך העיניים של שאר העולם, שמביט עלינו כעל מדינה קטנה, שעומדת על שלה ושמתמודדת בעוצמה בעניינים ביטחוניים יחד עם כל הנושאים האחרים".
כשחזר ארצה מסין, פנה אל וילנאי מייסד הארגון אלוף (במיל') אמנון רשף, וזה נענה בשמחה. "מדובר בארגון של אנשים שגדלו איתי יחד במערכת הביטחון, בין אם במוסד, בשב"כ או במשטרה, עדיין גדלנו כולנו באותה חצר. הצטרפתי מתוך אמונה שיש במדינה חוסר עצום בדיון עמוק ואמיתי על מהותה של מדינת ישראל, ואצלנו מדברים קודם כל על ביטחון. אנחנו המדינה היחידה בעולם שנמצאת בסכנה קיומית, ועד כמה שזה מוזר לומר זאת בנובמבר 2020, אחרי יותר מ־70 שנה שהמדינה הזו קיימת, זו האמת. יש כוחות בעולם שרוצים שמדינת ישראל תיעלם. הם אולי לא מבינים את המשמעות של זה, אבל הם מתכוונים לכך".
ביוני 2016 פרסם ארגון "מפקדים למען ביטחון ישראל" את מתווה "ביטחון תחילה", הקורא להיפרדות אזרחית מהפלסטינים תוך המשך השליטה הצבאית בשטח. "התוכנית אומרת דבר פשוט: הם שם, אנחנו כאן. בין ירדן לים התיכון יש מיליוני ישראלים ומיליוני פלסטינים שחיים אחד בתוך השני. אין ספק שהכוח בידינו - לא רק כוח צבאי אלא כל מה שנובע מזה, הכלכלה, התרבות, החברה", מסביר וילנאי ומוסיף: "צריך להחזיר את השיח בנושא. בכל יום שעובר ולא מתעסקים בעניין הפלסטיני אלא דוחקים אותו הצדה, אני מתדרדרים למדינה דו־לאומית, שזה סופה של ישראל כמדינה יהודית. אי אפשר להתעלם ולהתחמק מהבעיה, כי הציבור לא אוהב לדון בזה. אנחנו לא יודעים איך לפתור את הבעיה, אבל אנחנו יודעים אילו צעדים יש לעשות כדי לא להחריף אותה, וכשאנחנו אומרים 'ביטחון תחילה', אנחנו מדברים קודם כל על היפרדות, על מנת לא להחריף את הבעיה".
"הצליחו להפוך את השמאל לדבר שלילי, שמאל שווה בוגד. מה פתאום בוגד? בגלל הדיון השטחי הזה יש מקום לארגון 'מפקדים', מכיוון שגם אנחנו - בדיונים הפנימיים - מתווכחים בינינו לבין עצמנו, ואפילו תוהים מה תהיה ההשפעה שלנו על השיח ועל מקבלי ההחלטות".
התרעות פיקוד העורף