איזנקוט פרש את משנתו הפוליטית-מדינית במהלך הריאיון 'במעריב' ואמר בין היתר כי "המציאות היא של סכסוך בלתי פתיר. אני לא רואה איך מגיעים לסופיות סכסוך או הכרה במדינה יהודית. השאלה היא לאיזה כיוון מובילים. אני לא בטוח שהפער התרבותי בינינו לבינם מובן להנהגה הישראלית ולציבור".
עוד אמר כי "אנחנו בסוף ימיו של אבו מאזן, ואפשר להציע מהלך ביניים של שלוש עד חמש שנים, כדי לשפר את המציאות ולהתחיל לבנות גשר של הפחתת האיבה וחיזוק האמון. יוזמה משולבת של ישראל, הפלסטינים, מצרים, ירדן, ארצות הברית, המפרציות ועוד. צריך לשנות את המציאות, כי היא מובילה לחזון המדינה האחת, שהוא הרס החלום הציוני".
"היפרדות מדורגת עם סידורים ביטחוניים שמחזקים את ההתיישבות בגושים ובבקעה, אל מול שיפור אזרחי־כלכלי דרמטי ועמוק מאוד ביהודה ושומרון. ברצועה, ההסדר שהמצרים גיבשו בסיום צוק איתן. אתה זוכר את ‘הצהרת קהיר'? היו שם שישה עקרונות, רק שני הראשונים יושמו. צריך להשלים את מה שחסר, כולל פתרון סוגיית הגופות והנעדרים. אחר כך לבנות תוכנית לשיפור המציאות בעזה. כולל חבילת סיוע בינלאומית גדולה. צריך להקפיד שאיו"ש תהיה תמיד מעל עזה. זה חשוב", הוסיף.
התרעות פיקוד העורף